נחמיה מבסס מערך אבטחה קפדני לשמירה על ירושלים מפני האויבים הסובבים אותה. ההנחיות כוללות צמצום של שעות פתיחת השערים, נוהלי סגירה מחמירים וחלוקת תפקידי שמירה בין תושבי העיר. המילה הפותחת את הפסוק נכתבת "ויאמר" אך נקראת וָאֹמַר [מנחת שי].
בשל סכנת האויבים, ההנחיה הראשונה היא לֹא יִפָּתְחוּ שַׁעֲרֵי יְרוּשָׁלִַם עַד חֹם הַשֶּׁמֶשׁ. כלומר, השערים נשארים סגורים במהלך הלילה והבוקר המוקדם. קיימת מחלוקת לגבי השעה המדויקת שבה מותר לפתוח אותם: הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהכוונה לחצי היום, כאשר השמש בשיא חומה [רש"י, מצודת דוד], בעוד דעה אחרת סבורה שמדובר בשעות הבוקר המאוחרות, סביב השעה עשר [ביאור שטיינזלץ].
השלב הבא מתאר את נוהל בקרת השערים: וְעַד הֵם עֹמְדִים יָגִיפוּ הַדְּלָתוֹת וֶאֱחֹזוּ. הפרשנים מסבירים כי בעוד השומרים עומדים על משמרתם, עליהם לסגור ולנעול את הדלתות, ורק לאחר מכן הם רשאים לעזוב לביתם [רש"י, מצודת דוד, רלב"ג]. לעומת זאת, יש המפרשים שהמילה "הם" מתייחסת לחנני וחנניה, שרי העיר שהוזכרו בפסוקים הקודמים, אשר נדרשו לפקח בעצמם על סגירת הדלתות [אבן עזרא]. גישה ייחודית מציגה תמונה של שערים כפולים: גם בשעות שהשער החיצוני הגדול פתוח, השומרים נדרשים לאחוז בדלתות הפנימיות הקטנות ולהשאירן מוגפות חלקית, כדי לבקר את כניסת הבאים ולאפשר מעבר רק למי שמורשה לכך [מלבי"ם].
הפועל יָגִיפוּ משמעותו יסגרו. מקור המילה הוא בתרגום הארמי למושג סגירה, והיא קשורה למילים כמו "מגופה" (מכסה האוטם חבית) או "אגפים" (כנפי העוף הסוככות עליו), המבטאות אטימה, כיסוי והגנה [רב סעדיה גאון, אבן עזרא, מצודת ציון]. לגבי ההוראה וֶאֱחֹזוּ, רוב הפרשנים מסבירים זאת כפשוטו – לאחוז בדלתות כדי לסגור אותן ולחזקן בבריחים [רש"י, רלבגד, אבן עזרא]. פירוש נוסף מציע כי זוהי קריאה מטפורית לשומרים להחזיק בתפקידם במסירות, לא להזניח אותו ולהיות זהירים בו [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ].
לסיום, נחמיה מורה על הקמת מערך השמירה הפנימי: וְהַעֲמֵיד מִשְׁמְרוֹת יֹשְׁבֵי יְרוּשָׁלִַם. המילה "והעמיד" משמשת כאן כשם הפועל, במשמעות של "ולהעמיד" [אבן עזרא]. השומרים גויסו מתוך תושבי העיר עצמם, וחלוקת התפקידים הייתה כפולה: אִישׁ בְּמִשְׁמָרוֹ וְאִישׁ נֶגֶד בֵּיתוֹ. כל תושב שובץ למשמרת קבועה בשערי העיר או במבואותיה, בעיקר בלילות, ובנוסף, כל אדם נדרש לשמור גם מול ביתו הפרטי [רלב"ג, מצודת דוד]. הודגש כי השמירה צריכה להיות קבועה ללא החלפות של אנשים בין המשמרות השונות, כדי להבטיח את יעילותה המרבית [מלבי"ם].