כליאתם של שרי פרעה אינה רק פרט טכני בסיפור, אלא נקודת מפנה הרת גורל בעלילת חייהם של יוסף ושל משפחתו. הגעתם של השרים אל מתקן הכליאה המדויק שבו שהה יוסף נתפסת כמהלך מובהק של השגחה פרטית. ה' כיוון את השתלשלות העניינים כך שהשרים ייכלאו דווקא שם, שיוסף ימונה לשרתם, ושהם ישהו יחד זמן ממושך מספיק כדי ליצור קרבה שתאפשר ליוסף לשאול לפשר פניהם העצובים. כל הגלגולים הללו נועדו להוביל בסופו של דבר לשחרורו של יוסף, וכן להורדת יעקב ובניו למצרים כדי לקיים את הבטחת ה' לאברהם כי זרעו יהיה גר בארץ זרה [רד"ק, רבנו בחיי, מלבי"ם].
הפרשנים עומדים על טיבו של המאסר ועל ההבדלים בין המונחים השונים בפסוק. המילה בְּמִשְׁמַר מצביעה על כך שלא מדובר בעונש מאסר סופי, אלא במעצר חקירה מונע. השרים הוחזקו תחת שמירה קפדנית כדי שלא יברחו, והמתינו עד שהמלך ושריו יתכנסו לדון בחטאם ולחרוץ את דינם [אבן עזרא, בכור שור, מחוקקי יהודה, רש"ר הירש, העמק דבר]. מתקן כליאה זה שימש למעשה כבית מעצר המיועד לאנשים מכובדים רמי דרג [ביאור שטיינזלץ].
מתוך כך, יש מן המפרשים המצביעים על חלוקה מבנית בתוך מתקן הכליאה, המסבירה את השימוש הכפול בפסוק במילים משמר ובית הסוהר. לפי גישה זו, המבנה חולק לשני מדורים: המדור העליון, שהיה מואר ובנוי מעל פני הקרקע, נקרא משמר ונועד לאסירים רמי מעלה כדוגמת השרים; ואילו המדור התחתון, שהיה חשוך וחפור באדמה, נקרא בית הסוהר או בור, ובו הוחזקו פושעים רגילים ואסירים פשוטים [ביאור יש"ר, העמק דבר].
האחריות על מתקן הכליאה הופקדה בידי שַׂר הַטַּבָּחִים, שהוא השר הממונה על ההוצאות להורג, שכן דרכם של הממונים על ביצוע עונש מוות להיות אחראים גם על ניהול בתי הסוהר [חזקוני, ביאור שטיינזלץ]. בית סוהר זה היה נתון תחת שלטונו הישיר של פוטיפר, ותחתיו פעל שר בית הסוהר שניהל את המקום בפועל [שד"ל].
מבחינה לשונית, המילה מְקוֹם מנוקדת בצורת סמיכות, אף על פי שהיא נראית כעומדת בפני עצמה, וזאת משום שדרכה של מילה זו לבוא בסמיכות כאשר מיד אחריה מופיעה המילה אשר [רד"ק, שד"ל].