חילופי השלטון במזרח התיכון הקדום הותירו את ממלכת יהודה מבודדת וחשופה. למרות שיהויקים הומלך במקור על ידי פרעה מלך מצרים ונטה חסד לשלטונו, התעצמותה של האימפריה הבבלית שינתה את מפת הכוחות. לאחר שנבוכדנאצר הביס את מצרים בקרב כרכמיש, פרעה לא יכול היה לצאת עוד מארצו כדי להגן על בן בריתו, ונבוכדנאצר עלה על יהודה באין מפריע [רש"י, ביאור שטיינזלץ].
עם כיבוש האזור, נבוכדנאצר שבה את יהויקים ואסר אותו בַּנְחֻשְׁתַּיִם – שלשלאות וכבלי מתכת שבהם נהגו לקשור פושעים [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. מטרתו הייתה לְהֹלִיכוֹ בָּבֶלָה, כלומר להגלות אותו, ממש כשם שפרעה הגלה את אחיו יהואחז למצרים [ביאור שטיינזלץ]. באותו מעמד, נבוכדנאצר אף לקח מכלי מקדש ה' והעביר אותם להיכל העבודה הזרה שלו בבבל [רלב"ג, מלבי"ם].
באשר לגורלו של יהויקים והשאלה האם אכן הגיע לבבל בסופו של דבר, קיימות מספר גישות מרכזיות. הגישה הרווחת בקרב רוב הפרשנים היא שהמילה לְהֹלִיכוֹ מעידה על כוונה בלבד, אך בפועל המלך מעולם לא הגיע ליעדו. הוא מת בדרך, ייתכן בשל גילו או מחלתו [ביאור שטיינזלץ], ונבלתו הושלכה. בכך התקיימה נבואת ירמיהו שיהויקים ייקבר "קבורת חמור", ללא קבורה ראויה [רש"י, מצודת דוד, רד"ק].
מנגד, יש המפרשים כי נבוכדנאצר אמנם אסר אותו, אך לבסוף בחר שלא להגלותו אלא השאיר אותו בירושלים. זאת לאחר שיהויקים נכנע, קיבל על עצמו לשלם מס, והפך למלך חסות של בבל למשך שלוש שנים בטרם מרד בה מחדש [רלב"ג]. דעה נוספת משלבת בין האירועים וגורסת כי לְהֹלִיכוֹ משמעו שההגליה אכן יצאה לפועל ויהויקים הובא לבבל, אך הוא הושב לירושלים כדי להשלים את אחת עשרה שנות מלכותו. לפי קו מחשבה זה, רק בסוף ימיו, כשמרד שוב בבבל, הוא נתפס על ידי גדודי נבוכדנאצר ומת בדרך [רד"ק].