ההכנות להמלכתו החשאית של יואש דורשות היערכות ביטחונית קפדנית בתוך תחומי המקדש, כדי להגן עליו מפני עתליה ותומכיה. יהוידע הכהן מנצל את חילופי המשמרות השבועיים של הכהנים והלויים כדי ליצור כוח אבטחה משמעותי מבלי לעורר חשד.
המילה לֵאמֹר מתפרשת כאן כהוראה מעשית למאבטחים: עליהם לצעוק ולהשמיע קול כדרך שומרי חומות, כדי לשמור על ערנות ולמנוע מזרים להתקרב [חומת אנך].
המונח בָּאֵי הַשַּׁבָּת מתייחס למשמרות הכהונה והלוויה שהיו מתחלפות מדי שבת; משמר אחד היה מסיים את עבודתו השבועית לאחר הקרבת קורבן מוסף ויוצא, והמשמר החדש היה נכנס במקומו [רש"י, רד"ק, מצודת דוד]. רוב הפרשנים מסבירים כי יהוידע מצווה לקחת הַשְּׁלִשִׁית, כלומר שליש מתוך כוח השומרים, מתוך אותם "באי השבת", ויחד עם אנשי הצבא הם יופקדו על שמירת המלך [ביאור שטיינזלץ].
באשר לחלוקת הכוחות בין השומרים, הפרשנים מציגים גישות שונות המשתלבות זו בזו. גישה אחת מסבירה כי המשמר היוצא מן המקדש בשבת היווה את שני השלישים הנותרים של כוח האבטחה, משום שאנשיו היו פנויים יותר מעבודת המקדש לעומת המשמר הנכנס שעליו הוטלה עבודת השבוע, ולכן המשמר הנכנס סיפק רק שליש מהכוח [רד"ק, רלב"ג]. גישה אחרת מתמקדת במיקום השמירה, ומבארת כי המשמר הנכנס הופקד על אבטחת המלך מתוך תחומי הבית פנימה, בעוד ששני השלישים של המשמר היוצא אבטחו את המעטפת החיצונית של המקדש [מלבי"ם].
תפקידם המרכזי של כוחות אלו מוגדר במילים וְשֹׁמְרֵי מִשְׁמֶרֶת בֵּית הַמֶּלֶךְ. מטרתם היא להקיף את המלך עם כניסתו לבית, להוות חומת מגן אנושית, ולוודא שאיש מתומכיה של עתליה לא יצליח לחדור פנימה ולהתנקש בחייו [רש"י, מצודת דוד, רלב"ג].