באחרית הימים עתיד להתרחש פיוס היסטורי עמוק בתוך העם, שיביא לקיצו את הקרע ארוך השנים בין ממלכת יהודה לממלכת ישראל. הנבואה מתארת את היעלמותה של היריבות הפוליטית והשבטית, ואת כינונה של אחדות שלמה.
השם אֶפְרַיִם משמש כאן כסמל לכלל שבטי ישראל שאינם משבט יהודה [רד"ק]. שורש הסכסוך ההיסטורי מתמקד במאבק על ההנהגה. לאורך הדורות, אפרים קינא במלוכה שניתנה לבית דוד, קנאה שהגיעה לשיאה בפיצול הממלכות בימי ירבעם ורחבעם [רד"ק, מצודת דוד, מלבי"ם]. יש הסבורים כי שורשי המתיחות עמוקים אף יותר, ונעוצים עוד בקנאה על סידור הדגלים במדבר [אברבנאל], או בטענה היסטורית של אפרים כי זכות המלוכה מגיעה ליוסף מכוח הבכורה שניטלה מראובן [אהבת יהונתן].
הפרשנים עומדים על ההבדל המהותי שבין הפעלים בפסוק. הביטוי יְקַנֵּא אֶת מתאר מצב בו אדם חש שחברו לוקח ממנו זכות או הנאה השייכת לו בדין. כך אפרים הרגיש שיהודה גוזל ממנו את המלוכה. לעומת זאת, הפועל יָצֹר, שנגזר מהמילה צרה [מצודת ציון], מתאר עוינות והצקה הנובעות משנאה או כנקמה על מעשי העבר [מלבי"ם ביאור המילות]. בעבר, קנאת אפרים גררה תגובת נגד של יהודה, שהצר והתעמר באפרים על שמרד במלכות בית דוד [רד"ק, אבן עזרא].
הנבואה מבטיחה כי וְסָרָה קִנְאַת אֶפְרַיִם. לעתיד לבוא, השבטים החוזרים מהגלות ישתעבדו מרצון ובשמחה למלך מבית יהודה, וישכחו את יריבותם הישנה [שד"ל]. הקנאה תתבטל לחלוטין, בין היתר משום שמלך המשיח עתיד למשול על כל אומות העולם. מאחר שמדובר בנחלה חדשה שלא הייתה שייכת לאבותיהם, טענת הבכורה של אפרים מאבדת את תוקפה המשפטי, שכן הבכור אינו נוטל פי שניים בנכס עתידי שטרם הוחזק, וממילא תסור סיבת הקנאה [אהבת יהונתן].
באשר להצהרה וְצֹרְרֵי יְהוּדָה יִכָּרֵתוּ, קיימת מחלוקת. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שכפילות הלשון מתייחסת לבני אפרים עצמם. ההיכרתות אינה עונש מוות, אלא הבטחה שעצם המושג והשם "צוררי יהודה" ייעלם מן העולם, שכן השנאה תיעקר והם ישובו להיות אחים אוהבים [מצודת דוד, שד"ל, אברבנאל]. מנגד, יש המפרשים כי אלו הם אויבים זרים מחוץ, כדוגמת ארם או אומות אחרות, או אויבים מבית ומחוץ שיושמדו ולא יפריעו עוד לשלוות העם [מלבי"ם, אבן עזרא, ביאור שטיינזלץ].
רובד פרשני נוסף קורא את הפסוק כהבטחה הרמונית לימות המשיח. על פי גישה זו, הפסוק מתאר את השלום המוחלט שישרור בין שני הגואלים העתידיים, משיח בן יוסף הבא מאפרים ומשיח בן דוד הבא מיהודה. בעת הגאולה, שני המנהיגים הללו יעבדו יחד ללא כל קנאה, תחרות או צרות עין זה בזה [רש"י, מצודת דוד, מלבי"ם].