החלטתם של יוחנן ואנשיו להימלט למצרים נבעה מחרדה קיומית עמוקה בעקבות ההתנקשות השלטונית. הפרשנים מסכימים כי הרצון לברוח מִפְּנֵי הַכַּשְׂדִּים נבע מהחשש הכבד מתגובתה של האימפריה הבבלית. כִּי יָרְאוּ מִפְּנֵיהֶם, שכן הריגת גדליהו, אֲשֶׁר הִפְקִיד מֶלֶךְ בָּבֶל בָּאָרֶץ, נחשבה למעשה מרידה חמור במלכות ולפגיעה ישירה בעמדתם של הבבלים.
הפחד המרכזי של הנשארים היה מפני ענישה קולקטיבית. הם חששו כי הכשדים יבואו לנקום בכל מי שימצאו באזור, ויעלילו על כלל הציבור כי הרצח נעשה בהסכמת כולם. מתוך הבנה שהשלטון הבבלי לא יבחין בין האחראים בפועל למעשה לבין אלו שהתנגדו לו, בחרו הנשארים לעזוב. יעדם היה מצרים, שהייתה באותה תקופה מדינה עצמאית ובלתי כפופה לנבוכדנאצר, מתוך תקווה למצוא בה מחסה בטוח.