לאחר רצח גדליהו בן אחיקם, הכתוב מתאר את ממדי הטבח שביצע ישמעאל בן נתניהו, תוך שהוא קושר בין הטרגדיה ההווה לבין אירוע היסטורי מעברה של הממלכה. ישמעאל משליך את גופות הנרצחים לתוך בור גדול, שהיה במקור חפירה רחבה ששימשה כחלק ממערך הביצורים שהקים המלך אסא כדי להתגונן מפני בעשא מלך ישראל [מצודת דוד, רד"ק, ביאור שטיינזלץ]. סגירת המעגל ההיסטורית כאן טראגית במיוחד: הבור, שנחפר לכתחילה בתקופת מלחמה בין יהודה לישראל וגבה חללים רבים, מתמלא כעת שוב בחללים מישראל על ידי ישמעאל, המגיע מזרע המלוכה של יהודה [חומת אנך].
קושי מרכזי בפסוק עולה מן המילים אֲשֶׁר הִכָּה בְּיַד־גְּדַלְיָהוּ. הרי ישמעאל הוא הרוצח, וכיצד ניתן לומר שהאנשים הוכו בידו של גדליהו? הפרשנים מציעים מספר כיוונים לפתרון השאלה, הנעים בין הפיזי למוסרי.
על פי הגישה הגיאוגרפית, המילה בְּיַד משמעותה מקום. כלומר, האנשים נרצחו במקומו של גדליהו, בעיר מצפה [מצודת דוד, מצודת ציון, רד"ק, אברבנאל]. פירוש לשוני אחר מציע כי הכוונה היא למכה עצמה, דהיינו שהאנשים נהרגו במכתו של גדליהו ויחד עמו באותו אירוע [אברבנאל, ביאור שטיינזלץ].
גישה נוספת תולה בגדליהו את סיבת המוות של ההרוגים. מאחר שהאנשים הגיעו למצפה רק בגללו ובעבורו, הוא נחשב לסיבה העקיפה להריגתם [רד"ק, אברבנאל]. על גבי הבנה זו, ניצבת הגישה המוסרית המבוססת על דברי חז"ל, המטילה על גדליהו אחריות כבדה הרבה יותר. מכיוון שגדליהו הוזהר מראש על ידי יוחנן בן קרח מפני כוונותיו של ישמעאל אך בחר להתעלם מהעצה ולא לחשוש לה, מעלה עליו הכתוב כאילו הוא עצמו הרג את האנשים, ולכן הם נחשבים כמי שהוכו בידו [רש"י, רד"ק, אברבנאל].