חלוקת הנחלות בארץ ישראל כללה הסדרים טריטוריאליים ייחודיים, שבהם שבט אחד החזיק במובלעות בתוך גבולותיו של שבט אחר. במקרה זה, שבט מנשה קיבל בעלות על ערים מסוימות ועל ערי הלוויין שלהן, אשר היו ממוקמות מבחינה גיאוגרפית בתוך שטחי הנחלות של השבטים השכנים.
הפרשנים מסכימים כי המילים וַיְהִי לִמְנַשֶּׁה בְּיִשָּׂשכָר וּבְאָשֵׁר מלמדות שלמנשה היו חבלים וערים בתוך נחלות יששכר ואשר, הסמוכים אליו [מצודת דוד, מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ]. באשר לכתיב של שמות המקומות, ישנה הקפדה מסורתית על אופן כתיבת המילה וּבְנוֹתֶיהָ (העיירות הסמוכות לעיר המרכזית). ברוב הפסוק המילה נכתבת בכתיב מלא עם האות וי"ו, למעט בצירוף תַעְנַךְ וּבְנֹתֶיהָ, שם היא נכתבת בכתיב חסר. כמו כן, השם דֹּאר נכתב עם האות אל"ף, בעוד שהשם עֵין־דֹּר נכתב לרוב חסר וללא אל"ף, והאות עי"ן בשם תַעְנַךְ מנוקדת בשווא [מנחת שי].
בסוף הפסוק מופיע הביטוי שְׁלֹשֶׁת הַנָּפֶת. הפרשנים מבארים כי משמעות המילה נפת היא פלכים או מחוזות. עם זאת, קיימת הבחנה לגבי טיבם של מחוזות אלו. הגישה המרכזית היא שהערים המוזכרות בפסוק עמדו ונפרסו על פני שלושה מחוזות שונים [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ], ויש מי שמוסיף כי מחוזות אלו היו מחוברים יחד לכדי מחוז אחד גדול [מלבי"ם]. לעומת גישות אלו, דעה אחרת ממקדת את הביטוי אך ורק בערים דור ועין דור. לפי פירוש זה, שלוש הנפות השתייכו לעיר דור ולסביבתה בלבד, כפי שניתן ללמוד מפסוקים אחרים שבהם המושג "נפה" נקשר באופן ישיר לעיר דור [רש"י].