ההוראה המועברת ליהושע מהווה רגע מבחן של אמונה המזכיר את קריעת ים סוף. הכהנים נושאי הארון נדרשים להיכנס אל תוך מי הנהר בטרם התרחש הנס, מתוך ביטחון מוחלט שהמים ייבקעו עבורם. ציווי זה, המקביל להוראתו של משה לישראל להיכנס לים סוף, נועד להוכיח לעם כי ה' מסייע ליהושע בדיוק כפי שסייע למשה בעבר [אלשיך].
הפרשנים נחלקו בהבנת המיקום המדויק שבו נדרשו הכהנים לעצור, כפי שעולה מהמילים עַד קְצֵה מֵי הַיַּרְדֵּן. יש המבארים כי הכוונה היא למשמעות המילולית, מיד לאחר היציאה מאזור הסבך שבו צומחים קנים, ממש בכניסה אל תוך שפת הנהר [רש"י, ביאור שטיינזלץ], וליתר דיוק בקצהו המזרחי של הירדן, בצד שממנו נכנסו [מלבי"ם]. לעומת זאת, גישה אחרת גורסת כי הכהנים חצו את הנהר כולו ועצרו רק בקצהו המערבי, רגע לפני היציאה לעבר השני [מצודת דוד, רד"ק].
לגבי ההוראה בַּיַּרְדֵּן תַּעֲמֹדוּ, הפרשנים מסבירים כי על הכהנים לעצור בתוך הנהר, על היבשה שנוצרה לאחר כריתת המים [חומת אנך], ולא לצאת מיד החוצה [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. סיבת ההמתנה היא שמי הירדן נהדפים לאחור אך ורק מפני ארון הברית. אילו היו הכהנים יוצאים מן הירדן, המים היו שבים מיד למקומם. לכן, הוטל עליהם לעמוד במקומם עד שכל העם יסיים לחצות בבטחה [רש"י, מלבי"ם]. בזמן עמידה זו, ובטרם יצאו הכהנים מן הירדן, התבצע גם המהלך של לקיחת שתים עשרה האבנים מתוך הנהר והקמת האבנים האחרות תחתיהן [רד"ק].