רגע הכניסה אל נהר הירדן מהווה נקודת מפנה שבה הטבע מפנה את מקומו להתערבות ניסית גלויה. הכהנים נושאי הארון מתקרבים אל הנהר, ועצם המגע הראשוני של רגליהם במים מחולל שרשרת אירועים פלאית, המתרחשת דווקא כאשר הנהר נמצא בשיא עוצמתו.
כאשר הכהנים הגיעו אל הירדן מהעבר המזרחי [מצודת דוד], הם נטבלו בִּקְצֵה הַמָּיִם. הכהנים כלל לא הוצרכו להיכנס אל תוך ערוץ הנהר המקורי, שכן ה' מיהר לעשות את הנס. הנהר עלה על גדותיו והתפשט החוצה, כך שברגע שהגיעו אל המים שהתפשטו מעבר לשפה הטבעית, מיד נטבלו רגליהם [אלשיך]. המילה גְּדוֹתָיו מתארת את שפתיו הגבוהות של הנהר מכל עבריו וסביב למים [רש"י, רד"ק, מצודת ציון].
הכתוב מדגיש כי וְהַיַּרְדֵּן מָלֵא עַל כָּל גְּדוֹתָיו כֹּל יְמֵי קָצִיר, דהיינו בחודש ניסן שהוא זמן הקציר [רש"י]. תיאור זה נועד להעצים את גודל הנס, אך הפרשנים נחלקו בהבנת התופעה. גישה אחת מסבירה כי בדרך כלל בימי הקציר מי הנהרות מתמעטים, ולכן העובדה שהירדן היה מלא על כל גדותיו מדגישה את חריגות המצב ואת עוצמת הפלא [מצודת דוד, רד"ק]. מנגד, יש המסבירים כי התקופה שלאחר החורף היא הזמן שבו הירדן נמצא בגבורתו הטבעית [ביאור שטיינזלץ]; עם תחילת ימי החום, השלגים שבהרים מפשירים וממלאים את הנהרות, ולכן דרכו של הירדן להיות מלא וגדוש בעונה זו, ועל אף זרימתו העזה התרחש הנס [רד"ק, מלבי"ם].
כך או כך, הנס התרחש באופן מיידי. תכף כשרגלי הכהנים נגעו בקצה המים, המים שירדו מלמעלה פסקו מזרימתם ועמדו כנד אחד הרחק מאוד משם, באזור העיר אדם. במקביל, המים שירדו למטה לכיוון ים הערבה, הוא ים המלח, נכרתו ויבשו לחלוטין. הפסקת הזרימה הותירה מקום חרב ויבש, שאפשר לעם לעמוד בבטחה ולחצות את הנהר מול יריחו [רלב"ג, מצודת דוד].