חציית נהר הירדן מהווה רגע מכונן שבו חוקי הטבע מושהים למען כניסת עם ישראל לארץ. במרכז המאורע ניצבים הכהנים נושאי ארון הברית, אשר נוכחותם הפיזית בתוך אפיק הנהר משמשת כעוגן להתרחשות הנס כולו.
באשר למיקומם המדויק, ישנה דעה כי הכהנים עמדו סמוך לשפת הירדן [רש"י], בעוד דעה אחרת מדייקת שהם המתינו בעבר המערבי של הנהר ולא יצאו ממנו עד שכל העם סיים לחצות [מצודת דוד]. הכתוב מתאר את עמידתם במילה הָכֵן. הפרשנים מסכימים כי מילה זו מבטאת עמידה יציבה, קבועה ומוכנה מראש [רד"ק, מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ], ויש המוסיפים כי הכהנים ניצבו מכוונים זה מול זה [רש"י].
נס החצייה מורכב ממספר רבדים. הכתוב מדגיש כי הכהנים והעם עמדו ועברו בֶּחָרָבָה – כלומר ביובש מוחלט. על פי דרך הטבע, גם כאשר מימי נהר נעצרים, קרקעית הנהר נותרת בוצית ומלאה בשלוליות, אך כאן התרחש נס נוסף והאדמה התייבשה לחלוטין ואפשרה עמידה יציבה [מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ]. המים העליונים נעצרו ולא ירדו כל עוד הכהנים ניצבו במקומם, עד להשלמת מעבר העם כולו, המכונה בפסוק כָּל הַגּוֹי [רש"י, ביאור שטיינזלץ].
סביב אופן התרחשות הנס מתקיים דיון פילוסופי-פרשני. גישה אחת שניסתה להסביר את הנס (המובאת ונדחית בדברי המלבי"ם) ביקשה לתלות את עצירת המים בגורמים טבעיים, כגון משב רוח עז או התעבות של אוויר שחסם את הזרימה. אולם, הגישה החולקת תוקפת הסברים אלו ומבארת כי ה' שינה באופן ישיר את חוקי הטבע. מכיוון שזרימת מים כלפי מטה אינה מהות עצמית בלתי ניתנת לשינוי, אלא תוצאה של לחץ אוויר חיצוני, ה' פשוט ביטל את ההשפעה הפיזיקלית שמורידה את המים. כך המים עמדו כחומה ללא כל מחסום פיזי או רוח, עובדה המוכחת מכך שהכהנים שעמדו בסמוך לא הרגישו בשום תופעת טבע חריגה מלבד עצירת המים עצמם [מלבי"ם].