חציית נהר הירדן מהווה רגע של מעבר פלאי, שבו זרימתו הטבעית של הנהר נעצרת מפני קדושת ה'. ברגע שבו נכנסים נושאי הארון אל תוך המים, מתרחש שינוי דרמטי ומוחשי בהתנהגות הטבע.
הפלא מתחיל כְּנוֹחַ כַּפּוֹת רַגְלֵי הַכֹּהֲנִים במי הירדן, כאשר הנס מתחולל מכוחו ומקדושתו של ארון ה' [מלבי"ם]. מיד עם דריכתם במים, מי הירדן יִכָּרֵתוּן, כלומר ייגזרו ויופרדו [מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ]. בשלב זה מתרחשת הבחנה בין שני חלקי הנהר: המים שכבר עברו את נקודת החצייה ממשיכים לזרום כדרכם למטה ונעלמים [מצודת דוד, מלבי"ם], בעוד שהַמַּיִם הַיֹּרְדִים מִלְמָעְלָה, שזורמים בדרך כלל מלמעלה למטה כטבעם של כל הנהרות [רש"י], חווים היפוך של חוקי הטבע. המים החדשים שמגיעים אל מקום הכריתה נעצרים במקומם [מצודת דוד].
כתוצאה מעצירה זו, המים העליונים וְיַעַמְדוּ נֵד אֶחָד. המילה נֵד מתארת גובה, תל מתנשא או קיבוץ של מים [רש"י, מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ]. במקום להמשיך לזרום, המים מתקבצים, נערמים ועולים כלפי מעלה ככיפות זו על גב זו [רש"י], כאילו חומה בלתי נראית ניצבת בפניהם וחוסמת את דרכם [ביאור שטיינזלץ].
הפרשנים מצביעים על שני מאפיינים ייחודיים של עמידת המים הזו. ראשית, המים הנערמים אינם מתפשטים לצדדים ואינם שוטפים את סביבות הירדן, אלא נשארים עומדים אלו על אלו בתוך גבולות הנהר [רד"ק]. שנית, קיים הבדל מהותי בין נס זה לבין קריעת ים סוף; בעוד שבים סוף עמדו המים כשתי חומות משני הצדדים, בירדן היה צורך בשינוי הטבע רק בצד העליון של הזרימה, ולכן המים עמדו כנֵד אֶחָד בלבד, בשעה שהמים התחתונים פשוט זרמו הלאה [מלבי"ם].