נבואה זו פותחת צוהר אל גורלם הטראגי של עם ישראל ואל אופי הנהגתם בתקופות משבר. הפרשנים חלוקים בשאלה לאיזו תקופה היסטורית מכוונים הדברים. גישה אחת קושרת את הנבואה לאירועי העבר ולתקופת הבית הראשון, עד לגלות בבל [רש"י, רד"ק]. מנגד, הגישה המרכזית בקרב פרשנים אחרים היא שהנבואה צופה פני עתיד אל ימי הבית השני [אבן עזרא, מלבי"ם, אברבנאל]. לפי תפיסה זו, לאחר שהנביא חזה בחורבן הבית הראשון, מוצג בפניו אופן ההנהגה של העם בבית שני, ובפרט האירועים שיתרחשו לאחר תקופת החשמונאים, שיובילו בסופו של דבר לחורבן נוסף עקב קלקול המעשים.
במוקד הציווי האלוהי רְעֵה עומדת מחלוקת לגבי זהות הרועה ואופי הפעולה. יש המפרשים כי ה' מצווה על הנביא לבצע פעולה סמלית ממשית בהקיץ, ולרעות את הצאן בפועל [מצודת דוד, אברבנאל]. אחרים רואים בכך הוראה נבואית – על הנביא להתנבא על המנהיגים העתידיים שעתידים לרעות את העם [רש"י, מלבי"ם], או שהנביא חווה את עצמו כרועה בתוך מראה הנבואה [אבן עזרא]. מנגד, קיימת דעה לשונית הגורסת כי המילה היא שם הפועל, ומשמעותה אינה ציווי לנביא, אלא הצהרה של ה' כי הוא עצמו ירעה את העם [רד"ק].
הביטוי הציורי צֹאן הַהֲרֵגָה מתאר ברמה המילולית כבשים שאינן מיועדות לגידול, להפקת חלב וצמר או להעשרת בעליהן, אלא מיועדות מראש אך ורק לשחיטה בבית המטבחיים [מצודת דוד, אברבנאל, ביאור שטיינזלץ]. בנמשל, הצאן מסמל את עם ישראל, והפרשנים מציעים שתי סיבות מרכזיות לכינוי קשה זה: האחת תולה את האשמה בהנהגה הפנימית – אלו ישראל שמנהיגיהם ורועיהם מנצלים, הורגים ואוכלים אותם [רש"י]. השנייה מתמקדת במצבם הרוחני של העם מול אומות העולם – בשל חטאיהם ועזיבתם את מצוות ה', הם נתונים תמיד בסכנת השמדה ומופקרים להריגה בידי אויב ושונא [רד"ק, אברבנאל].