נבואה זו מציגה מודל הנהגה מורכב וכפול המופעל על אומה פגועה, דרך משל של רועה וצאנו.
הנביא מספר כיצד הוא פועל בפועל למלא את הציווי האלוהי ולרעות את צֹאן הַהֲרֵגָה, כלומר צאן המיועד לטבח [מצודת דוד, אברבנאל, ביאור שטיינזלץ]. מנגד, יש המפרשים כי אלו דברי ה' בעצמו המתאר כיצד רעה את עם ישראל בימי קדם [רש"י], ובפרט בתקופת גלות בבל ושיבת ציון [אבן עזרא].
המילה לָכֵן מתפרשת במובן של באמת או אכן [רש"י, רד"ק, ביאור שטיינזלץ], או במובן של בעבור [מצודת ציון]. הביטוי עֲנִיֵּי הַצֹּאן מתאר את מצבו השפל, הנכנע והעלוב של העם [מצודת ציון, מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. יש הרואים בעניים אלו את צדיקי וחסידי ישראל, שבזכותם ה' חומל על האומה כולה [אברבנאל], בעוד דעה אחרת מסבירה שעניותם ומסכנותם של ישראל נבעו מסכסוכים פנימיים ומהרג הדדי שמנעו כל סיכוי לשלום [מלבי"ם].
כדי לנהל את העם, הרועה מעיד וָאֶקַּח לִי שְׁנֵי מַקְלוֹת, כלומר מטות [מצודת ציון]. רוב הפרשנים מסכימים כי המקלות מסמלים את המנהיגים והמושלים של העם, שכן דרכו של רועה לנהל את צאנו במקל. השימוש בשני מקלות שונים מצביע על כך שההנהגה אינה אחידה, ורועה ומנהיג צריך לדעת מתי לנהוג ברוך ומתי להכות, הכול בהתאם לצורך ולמעשי העם [רד"ק, ביאור שטיינזלץ].
המקל האחד נקרא נֹעַם, מלשון נעימות, מתיקות והנהגה רכה, אהובה ולא מכאיבה [אבן עזרא, מצודת ציון, מצודת דוד]. המקל השני נקרא חֹבְלִים, לשון השחתה, כאב והכאה קשה [רד"ק, מצודת ציון, מצודת דוד], אם כי יש המפרשים מילה זו מלשון תחבולות [אבן עזרא].
הפרשנים מציעים מספר זיהויים היסטוריים וסמליים לשני המקלות המנוגדים:
גישה אחת קושרת את המקלות לפילוג הממלכה בימי בית ראשון. נֹעַם מסמל את ירבעם שנהג בעמו בנחת, ואילו חֹבְלִים הוא רחבעם שייסר את העם בקשיחות [רש"י].
גישה שניה רואה במקלות את מנהיגי שיבת ציון, זרובבל ונחמיה, שנקראו מקלות ולא רועים משום שהיו פחות מטעם שלטון זר ולא מלכים עצמאיים [אבן עזרא].
גישה שלישית ממקמת את הנבואה בתקופת החשמונאים ומזהה את המקלות עם כוהני בית שני. נֹעַם מייצג את הדור הראשון של בני מתתיהו ששלטו ביראת ה' ובגבורה ולא קראו לעצמם מלכים, ואילו חֹבְלִים מייצג את צאצאיהם שהרשיעו, נטלו לעצמם את המלוכה והשחיתו את העם [מצודת דוד, אברבנאל].
גישה רביעית מסבירה שהמקלות משקפים את תגובת ה' למצבו המוסרי של העם. בזמן שישראל הלכו בדרך ישרה והונהגו על ידי מלכים טובים, הם הונהגו בנֹעַם וזכו לשפע, וכאשר חטאו תחת מלכים רעים, באו עליהם צרות והם הונהגו בחֹבְלִים [רד"ק].
גישה חמישית וייחודית מציעה שהמקלות נועדו במקור לתפקידים שונים במדיניות החוץ והפנים. נֹעַם נועד ליצור שלום ואחווה בתוך העם פנימה, וחֹבְלִים נועד למלחמה והרתעה מול האויבים מבחוץ. אולם, ההנהגה התהפכה ונהגה בעיוות מוסרי קשה: כלפי הגויים הם התרפסו ונכנעו בנֹעַם, ואילו כלפי אחיהם מבית הם נהגו באכזריות של חֹבְלִים [מלבי"ם].
בסופו של דבר, המילים וָאֶרְעֶה אֶת הַצֹּאן החותמות את הפסוק, מלמדות כי בין אם ההנהגה רכה ובין אם היא קשה, ובין אם המנהיגים טובים או רעים, השגחתו של ה' על עמו נמשכת תמיד והוא רועה אותם בכל מצב [רד"ק, אברבנאל].