לאחר חטא העגל ושבירת הלוחות הראשונים, משה התפלל והתחנן בעד העם במשך ארבעים יום וארבעים לילה. הצירוף בָּעֵת הַהִוא מציין את סיומם של ימים אלו, שבהם הקב"ה התרצה למשה, מחל לישראל על החטא, והסכים לחדש את הברית עמם [רש"י, רמב"ן, אבן עזרא, ספורנו, רבנו בחיי, ביאור שטיינזלץ, אברבנאל].
הקב"ה מצווה על משה פְּסׇל־לְךָ. הציווי "לפסול", כלומר לחצוב ולעצב את האבנים, מצביע על הבדל מהותי בין הלוחות הראשונים לשניים. הלוחות הראשונים היו לחלוטין "מעשה אלוהים", הן באבן והן בכתב. אולם לאחר חטא העגל, ירדו ישראל ממדרגתם ולא היו ראויים עוד ללוחות שכולם ממקור עליון. לכן הלוחות השניים דרשו שותפות אנושית: משה יחצוב את האבנים בעצמו, והקב"ה יכתוב עליהן [רמב"ן, ספורנו, אור החיים, הכתב והקבלה, אברבנאל]. ציווי זה גם מבטא את העיקרון של "אתה קלקלת ואתה תתקן", ורומז לעמל וליגיעה הנדרשים מהאדם בלימוד התורה, בניגוד ללוחות הראשונים שניתנו ללא מאמץ אנושי [העמק דבר, שפתי כהן, דעת זקנים]. מדרש המובא בפרשנים מוסיף כי הקב"ה הראה למשה מחצב של אבני ספיר יקרות תחת כסא הכבוד או תחת אוהלו, ומן הפסולת שנותרה לאחר חציבת הלוחות, משה התעשר [רא"ש, שפתי כהן, דעת זקנים].
בהמשך הפסוק מופיע הציווי וְעָשִׂיתָ לְּךָ אֲרוֹן עֵץ. אף על פי שהציווי על הארון מופיע לאחר הציווי על הלוחות, בפועל משה עשה את הארון תחילה, כדי שיהיה לו מקום מוכן להניח בו את הלוחות מיד עם ירידתו מההר. התורה הקדימה את הלוחות לארון משום שהם העיקר ותכלית המעשה, אך סדר העשייה החייב את הקדמת הארון [רש"י, גור אריה, רבנו בחיי, אברבנאל].
הפרשנים דנים בשאלה מדוע נצטווה משה להכין ארון כעת, בניגוד ללוחות הראשונים. יש המסבירים כי הלוחות הראשונים עמדו בזכות עצמם ולא היו צריכים ארון מיוחד מלבד ארון המשכן העתידי [אור החיים], או שהקב"ה ידע מראש שמשה עתיד לשבור אותם ולכן לא ציווה לעשות להם ארון [רמב"ן, טור הארוך, ביאור יש"ר]. הסבר נוסף הוא שלאחר החטא, העם כבר לא היה במדרגה רוחנית שאפשרה לו להסתכל ישירות בלוחות, ולכן נדרש ארון כדי להסתירם מיד עם רדתו של משה [שד"ל]. העובדה שהארון עשוי מעץ דווקא, מסמלת פשטות והתרחקות מתענוגות העולם הזה ומסממני עושר כזהב [שפתי כהן, העמק דבר].
סביב שאלת זהותו של ארון העץ קיימת מחלוקת מרכזית ורחבה בין המפרשים:
גישה אחת גורסת כי ארון העץ המוזכר כאן איננו ארון הזהב המפואר שעשה בצלאל מאוחר יותר עבור המשכן, אלא ארון זמני ופשוט שעשה משה בעצמו. לאחר שבצלאל סיים את מלאכת ארון הזהב, הועברו אליו הלוחות השניים. בארון העץ של משה הונחו שברי הלוחות הראשונים, וזהו הארון שהיה יוצא עם ישראל למלחמות, בעוד ארונו של בצלאל נשאר תמיד בקודש הקודשים [רש"י, מזרחי, הדר זקנים, רבנו בחיי, שפתי כהן, דברי דוד, בכור שור].
מנגד, גישה שנייה חולקת על קיומם של שני ארונות במקביל. לפי גישה זו, בקודש הקודשים עמד תמיד רק ארון אחד, ובו הונחו יחד הלוחות השלמים ושברי הלוחות. לפיכך, ארון העץ שעשה משה נגנז ונגנז כדין תשמישי קדושה מיד עם בניית ארונו של בצלאל. יש מפרשים בגישה זו שטוענים כי הציווי כאן רומז למעשה לארון שיעשה בצלאל, שכן עצי השיטים הם התשתית של ארון הברית, והקב"ה הזכיר זאת כעת בקצרה כדי להדגיש שזהו עיקר המשכן [רמב"ן, טור הארוך, אבן עזרא, חזקוני, ביאור יש"ר].