מלחמת עמלק בישראל אינה מלחמה רגילה בין צבאות, אלא התקפה פתע אכזרית וחסרת עכבות על אומה פגיעה, המייצגת התנגשות מהותית בין כוחנות רצחנית לבין מוסר אלוהי. התורה מתארת את אופי ההתקפה ואת מצבו של העם במספר רבדים.
הביטוי אֲשֶׁר קָרְךָ טומן בחובו שלוש משמעויות עיקריות המשקפות את מהות הפגיעה העמלקית. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמדובר בלשון מקרה והזדמנות; עמלק לא שלח שליחים להכריז מלחמה כדרך המלכים, אלא תקף בהפתעה, ללא התגרות מוקדמת, מתוך משיכה לדם וחיפוש אחר ביזה [רשב"ם, ראב"ע, תורה תמימה, רלב"ג, ביאור יש"ר, קונטרס חיבה יתירה, צאינה וראינה]. פירוש נוסף רואה במילה זו לשון קור והפשרה. לאחר יציאת מצרים וקריעת הים, רעדו כל האומות מפני ישראל, בדומה לאמבטיה רותחת שאיש אינו מעז להיכנס אליה. עמלק נמשל לאדם שקפץ לאותה אמבטיה; אף שהוא עצמו נכווה וניגף, הוא קירר והפשיר את הפחד מפני ישראל בעיני שאר אומות העולם [רש"י, שפתי חכמים, הדר זקנים, ברטנורא]. גישה שלישית דורשת את המילה מלשון טומאה וקרי, שעמלק פגע בישראל בדרכים של טומאה ומשכב זכור, כביטוי להתנגדותו המוחלטת לקדושת ישראל [רש"י, גור אריה].
אכזריותו של האויב באה לידי ביטוי במילים וַיְזַנֵּב בְּךָ כׇּל־הַנֶּחֱשָׁלִים. כפשוטו, מדובר בהכאת ה"זנב", כלומר תקיפת החלשים שהלכו בסוף המחנה ולא היה בהם כוח להתקדם ולהגן על עצמם [רש"י, ראב"ע, רבנו בחיי, רלב"ג, ביאור יש"ר, חזקוני, רש"ר הירש]. פרשנים רבים מסבירים כי המילה הַנֶּחֱשָׁלִים היא חילוף אותיות של המילה "הנחלשים", תופעה לשונית מוכרת במקרא [ראב"ע, מזרחי, תורה תמימה, שפתי חכמים, חזקוני, בכור שור]. לצד הפשט, מובא פירוש מדרשי עמוק המזהה את ה"זנב" עם ברית המילה. עמלק היה חותך את איברי המילה של ישראל וזורק אותם כלפי מעלה בהתרסה כלפי שמים, כאומר לאלוהים: "קח את מה שבחרת" [רש"י, מזרחי, רבנו בחיי, הדר זקנים, צאינה וראינה, דעת זקנים, ברכת אשר, גור אריה]. זהותם של אותם חלשים שנויה במחלוקת; יש הסבורים כי אלו היו נשים וטף [קונטרס חיבה יתירה], אך פרשנים רבים מסבירים כי מדובר באנשים חסרי כוח רוחני, חוטאים שהענן המגן של ישראל פלט אותם החוצה, ובכך הותיר אותם חשופים לפגיעה מחוץ למחנה [רש"י, אור החיים, רבנו בחיי, תורה תמימה, גור אריה, צאינה וראינה].
מצבו של העם בעת ההתקפה מתואר במילים וְאַתָּה עָיֵף וְיָגֵעַ. הפרשנים מסבירים כי עָיֵף מתייחס לצמא הפיזי למים שהעם חווה באותה עת ברפידים, או לעייפות העמוקה שנותרה בהם מעול השעבוד הקשה במצרים. המילה וְיָגֵעַ מתייחסת לתשישות מטורח הדרך הארוכה במדבר [רש"י, ראב"ע, אור החיים, ביאור יש"ר, שטיינזלץ, בכור שור]. מנגד, יש המוסיפים נדבך רוחני, לפיו העייפות והיגיעה נבעו מחוסר אמונה ומהקושי הנפשי לשאת את משא ההשגחה הנסית התובענית [העמק דבר].
סיום הפסוק, וְלֹא יָרֵא אֱלֹהִים, מעורר דיון מרתק בשאלה למי מכוונות המילים. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמילים מתייחסות לעמלק. למרות שהשכינה שרתה במחנה ישראל, עמלק לא פחד מאלוהים, אשר תמיד עומד לצד החלש, ולא נרתע מלעשות עוול כה אכזרי ולתקוף עם עייף שוחר שלום [רש"י, ראב"ע, מזרחי, רבנו בחיי, תורה תמימה, ביאור יש"ר, נתינה לגר, בכור שור, רש"ר הירש]. מנגד, ישנה גישה המייחסת מילים אלו דווקא לעם ישראל. לפי פירוש זה, ההשגחה האלוהית הפרטית סרה מישראל משום שבאותו זמן הם לקו בחוסר אמונה וביראת שמים, נסו את ה׳ ברפידים, ובכך אפשרו את הפגיעה [העמק דבר, רלב"ג, חזקוני]. בנוסף לכך, פרשנים מצביעים על סמיכות הפסוקים בין פרשת עמלק לפרשיה הקודמת, העוסקת באיסור להחזיק מידות ומשקולות מרמה. הם מבארים כי אדם המרמה במשקלות מעיד על עצמו שאינו ירא אלוהים, והעונש ההיסטורי על השחתה מוסרית זו בתוך החברה, הוא חשיפה לאכזריותו של עמלק המגיע מבחוץ [רא"ש, הדר זקנים, דעת זקנים, בכור שור].