חזון המקדש העתידי חותם את תיאור המבנה במדידת גבולותיו החיצוניים. המידות האדריכליות אינן בעלות משמעות טכנית בלבד, אלא נועדו לשרת מטרה רוחנית ברורה של יצירת חיץ מוחלט בין המרחב שבו שורה הקדושה לבין העולם החיצוני.
הפרשנים מסכימים כי המילים חוֹמָה לוֹ מתייחסות לחומה המקיפה את הר הבית כולו, ולדברי [רש"י] זוהי חומת ה"חיל" המקיפה את ההר. באשר למידות החומה, אֹרֶךְ חֲמֵשׁ מֵאוֹת וְרֹחַב חֲמֵשׁ מֵאוֹת, ישנה התייחסות לאופן חישוב השטח. [מצודת דוד] מעיר כי מידה זו כוללת בתוכה גם את עובי החומה עצמה. עם זאת, קיימת גישה המרחיבה מאוד את קנה המידה; [רש"י] ו-[מלבי"ם] מסבירים כי הכוונה אינה לחמש מאות אמות, אלא לחמש מאות קנים. מכיוון שכל קנה שווה לשש אמות, מתקבל שטח עצום של שלושת אלפים על שלושת אלפים אמות. [ביאור שטיינזלץ] מציין כי מדובר בריבוע שכל אחת מצלעותיו אורכה כאלף וחמש מאות מטרים. מידות כה עצומות לא היו קיימות לא במקדש שלמה ולא במקדש השני, וקשה לתאר כיצד שטח ישר כה גדול יכול היה להתקיים על הר הבית ההיסטורי.
לממדים העצומים הללו ישנה גם משמעות רעיונית. השטח של שלושת אלפים על שלושת אלפים אמות מכיל בתוכו בדיוק שלושים ושישה ריבועים של חמש מאות על חמש מאות אמות, שהיא מידתו המקורית של הר הבית [רש"י, מלבי"ם]. מתוך חלוקה זו, [מלבי"ם] מציג חזון אוניברסלי ולאומי כאחד: ריבוע אחד מוקצה לעם ישראל בלבד, בעוד שלושים וחמישה הריבועים הנותרים מיועדים לשבעים אומות העולם, כך שכל שתי אומות חולקות ריבוע אחד. במבנה זה, ישראל זוכים למעמד של "בן בכור" המקבל פי שניים, שכן יש להם חלקה שלמה לבדם.
תכליתה של חומה ענקית זו היא לְהַבְדִּיל, כלומר ליצור הפסק והפרשה [מצודת ציון]. החומה משמשת כמחיצה פיזית המבדילה בין העם לבין המרחב המקודש [רש"י, מצודת דוד]. היא מפרידה בֵּין הַקֹּדֶשׁ לְחֹל, כאשר "הקודש" הוא התחום המקודש פנימה בתוך הר הבית, ו"החול" הוא ענייני החולין והמרחב החיצוני שמעבר לחומה, שהוא ההפך מן הקודש [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ].