לאחר חודשים של כאוס שבהם התמזגו מימי התהום והשמיים, מתחולל מהפך. כוחות הטבע ההרסניים נבלמים, והעולם מתחיל את תהליך שיקומו. הכתוב מקביל באופן ישיר לתיאור פריצת המבול, וכעת, מה שנבקע ונפתח בראשית האסון – נסגר ונחתם [קאסוטו].
רוב הפרשנים מסכימים כי המילה וַיִּסָּכְרוּ משמעותה נסגרו, כאשר האות כ' מתחלפת באות ג' והמשמעות נותרת זהה [אבן עזרא, רד"ק, ביאור יש"ר]. המילה וַיִּכָּלֵא משמעותה מניעה, עצירה והסתגרות בתוך האוצר [רש"י, רלב"ג, אבן עזרא].
מבחינה כרונולוגית, עצירת הגשמים התרחשה מיד בתום ארבעים ימי המבול הראשונים, אך התורה בחרה לשבץ את התיאור כאן כדי ליצור מעבר חד מסיפור ההשחתה לסיפור ההצלה ושביתת המים [שד"ל, חזקוני]. הכתוב מתאר את סדר הפסקת המים: תחילה שקטו מי התהום מלמטה, ולאחר מכן נעצר המטר מלמעלה [ביאור יש"ר]. עם זאת, מערכות המים הללו קשורות זו בזו; כשהגשם פוסק מלמעלה, המים התחתונים נסוגים בהתאמה, שכן שניהם פועלים יחד ומושפעים זה מזה [אור החיים].
מנקודת מבט טבעית, עולם המוצף כולו במים היה אמור לאדות אדים רבים וליצור סופות וגשמים חדשים. אולם, רוח אלוהית פיזרה את העננים ועצרה את הגשם ביד חזקה [מלבי"ם]. מעניין לציין כי התורה מתעלמת לחלוטין מתפקידה של השמש בייבוש הארץ. בניגוד לעלילות של עמי הקדם שייחסו את סיום המבול לאל השמש, התורה מדגישה כי סיום המבול נגרם אך ורק על ידי גורמים שמימיים ורוח ה', תוך שלילת כל השקפה אלילית [קאסוטו].
הביטוי וַיִּכָּלֵא הַגֶּשֶׁם טומן בחובו משמעות עמוקה יותר מאשר רק סיום מי המבול. השמיים נאטמו כליל, ואפילו גשם מועט או טל לא ירדו עד שנח יצא מן התיבה [רד"ק, הטור הארוך]. עצירה מוחלטת זו נבעה מרחמי ה' על נח; אילו היו יורדים גשמים טבעיים באותה עת, לבו של נח היה יוצא מרוב פחד שמא המבול חוזר. לכן, ה' מנע כל ירידת מים עד שמשפחת נח יצאה מן התיבה וקיבלה את אות ברית הקשת [מחוקקי יהודה].
דקות לשונית נוספת עולה מתוך ההשוואה לתחילת המבול. בעוד ששם נאמר שנבקעו "כל" מעיינות תהום, בפסוקנו המילה "כל" הושמטה ונכתב רק מַעְיְנֹת תְּהוֹם. מכאן לומדים הפרשנים שלא כל המעיינות נסגרו. ה' הותיר מעיינות חמים מסוימים פתוחים, כדוגמת חמי טבריה [רש"י]. גם לדעה שהמבול לא ירד כלל בארץ ישראל, מי המבול הרותחים התפשטו מתחת לקרקע והבלי המבול חיממו את המעיינות הללו [ריב"א, חזקוני, משכיל לדוד]. מעיינות אלו הושארו פתוחים בכוונה תחילה: מצד אחד, הם נועדו להעניק מרפא וחיזוק לבני האדם שגופם נחלש מאוד לאחר המבול, ומצד שני, הם נותרו כזכר עולם לדורות הבאים לאירוע המבול העצום [שפתי חכמים, משכיל לדוד].