מתוך כאב על חורבן ואיום מתקרב, פונה הנביא חבקוק אל ה' בתפילה בשם עם ישראל כולו. אל מול האויב הבבלי, נבוכדנצר, המייחס את כוחו והצלחתו לאליליו, מציב הנביא את האמונה הברורה כי ה' הוא השליט הבלעדי [רד"ק, אבן עזרא].
הנביא פותח בהכרזה מִקֶּדֶם, המבטאת את שלטונו של ה' בעולם מאז ומעולם, בהיותו הראשון והנצחי [מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ]. גישה נוספת מסבירה כי משמעות המילה היא שה' הוא אלוהי ישראל עוד מימי האבות ומרגע היווסדותה של האומה [אבן עזרא, אברבנאל].
בהמשך, המילים לֹא נָמוּת מתפרשות בשני אופנים עיקריים. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמדובר בתפילה ובתחינה אל ה' שלא יאפשר לאויב האכזר להשמיד את העם לחלוטין ולעשות בו כליה [רש"י, רד"ק, אבן עזרא, ביאור שטיינזלץ]. מנגד, יש המפרשים מילים אלו כהבעת ביטחון מוחלט. לפי גישה זו, הנביא יודע שכוונת ה' אינה להביא להשמדה טוטאלית, ולכן הוא בטוח שהעם לא ימות [מצודת דוד, מלבי"ם, אברבנאל]. בנוסף, קיימת מסורת פרשנית ולפיה צירוף מילים זה הוא תיקון סופרים. במקור התכוון הנביא לומר כלפי ה' "לא תמות", אך מפאת כבוד שמיים שינו הסופרים את הניסוח [רש"י, רד"ק, מנחת שי].
הפרשנים מסכימים כי חלקו השני של הפסוק, לְמִשְׁפָּט שַׂמְתּוֹ, מסביר את תפקידו האמיתי של האויב. ה' העניק לנבוכדנצר כוח והקים את האימפריה הבבלית אך ורק כדי לשפוט את המורדים, להעניש את הרשעים ולעורר את העם לתשובה, ולא כדי להרוג ללא הבחנה.
המילה וְצוּר מתפרשת לרוב ככינוי לה', שהוא חוזק העולמות והסלע האיתן [מצודת ציון, רד"ק]. פירוש אחר מייחס את המילה לאויב עצמו, המשמש כסלע קשה שנועד להכות בפושעים [ביאור שטיינזלץ], או שהשליחות שהוטלה עליו חזקה כצור חלמיש [מלבי"ם]. תפקיד זה מוגדר במילה לְהוֹכִיחַ, שמשמעותה הבאת ייסורים ועונש [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ]. כדי להוציא לפועל את התוכחה הזו, ה' יְסַדְתּוֹ, כלומר העמיד וביסס את האויב בחוזקה, כמו יסוד של בניין [מצודת ציון, רד"ק].
מתוך הבנה זו, עולה כי תלונתו של הנביא אינה על עצם קיומו של המשפט והייסורים, שכן הוא מבין שזו גזירת ה' שאינה נועדה להשמדה [מצודת דוד, אברבנאל]. כאבו העמוק נובע מכך שהאויב פועל באכזריות חסרת הבחנה, ומכך שה' מאפשר לאדם רשע ובוגדני להעניש ולהחריב אנשים שהם צדיקים ממנו [מלבי"ם, אברבנאל].