לאחר שאוים על נפשו ונאלץ להימלט, מגיע הנביא אל הר חורב. במקום זה מתרחש מפגש נבואי עמוק, הנפתח בשאלה אלוהית נוקבת הבוחנת את מניעיו ומקומו של הנביא.
הכתוב מתאר כי הנביא מגיע אֶל־הַמְּעָרָה. הפרשנים מסכימים כי אין זו מערה סתמית, אלא המקום המדויק שבו עמד משה רבנו, המכונה בתורה "נקרת הצור", במעמד גילוי כבוד ה' [רש"י, מצודת דוד, רד"ק]. נאמר כי אליהו וַיָּלֶן שָׁם, ואין הכוונה רק לשינה פיזית, אלא לשהות שבה התבודד, צעק אל ה' כל הלילה והכין את עצמו לנבואה. רק לאחר הכנה זו במקום המקודש, שבה אליו הנבואה שפסקה ממנו לאורך כל מסעו במדבר [אברבנאל].
פנייתו של ה' אל הנביא בשאלה מַה־לְּךָ פֹה משמעותה מה מעשיך כאן [ביאור שטיינזלץ] ולמה באת הנה [מצודת דוד], כאשר המילה פֹה פירושה הנה, במקום הזה [מצודת ציון].
באשר למטרת השאלה, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שה' שאל זאת בדרך לשון בני אדם, כפתיחה שנועדה לעורר שיחה ולאפשר לנביא להשמיע את טענותיו. בדומה לשאלות אלוהיות אחרות במקרא (כמו השאלה לקין "אי הבל אחיך"), ה' ידע היטב את התשובה אך רצה לתת לאליהו פתח להשיב [רלב"ג, רד"ק, מצודת דוד, אברבנאל].
עם זאת, גישה אחרת רואה בשאלה זו תוכחה סמויה על עצם ההתבודדות. תפקידו של נביא הוא להימצא בתוך העם, להוכיח אותו ולהדריך אותו, ולא לברוח ולהתבודד במדבר ובהרים [מלבי"ם]. השאלה מבטאת פליאה על כך שהנביא עזב את מקומו הטבעי [רד"ק].
מנגד, יש הסבורים כי התוכחה אינה על עצם הבריחה, אלא על הכניסה למערה הספציפית הזו. ה' מקנא לכבודו של משה רבנו, ורומז לאליהו שאין זה ראוי לאדם או לנביא אחר לשבת במקום המקודש שיוחד למשה. אליהו נכנס למערה מתוך פחד מאויביו, מתוך מחשבה שקדושת המקום וזכותו של משה יגנו עליו, אך ה' מבהיר לו שעליו לצאת ולעמוד על ההר, שכן ההגנה האלוהית אינה תלויה במחבוא במערה [אברבנאל].
תשובתו של אליהו לשאלה נובעת מכעס וקנאה לה' על כך שישראל עזבו את הברית והרגו את הנביאים, ומתוך רצון שה' ינקום בהם. אולם, מטרתו של ה' בהוצאת אליהו מהמערה ובהתגלות אליו הייתה שונה לחלוטין. ה' רצה שאליהו יראה את כבודו ויבקש רחמים על העם, ולא יתפלל להשמדתם. דרך ההתגלות נועדה ללמד את הנביא שרצון ה' הוא להאריך אף לחוטאים כדי שישובו בתשובה, ולא לפעול מיד בכוחות משחיתים [רלב"ג].