מפגש פלאי מתרחש בין מנהיג האומה לבין שליח שמימי, ומסמן שלב חדש בהנהגה ובאופן התקשורת האלוהית. הציווי להסיר את הנעל אינו רק הוראה מעשית, אלא נושא בחובו משמעויות עמוקות הנוגעות לקדושה, להכנה נבואית ולמציאות החדשה של בני ישראל עם כניסתם לארץ.
הדמות המתגלה ליהושע, שַׂר צְבָא ה', היא המלאך מיכאל, הממונה על עם ישראל, שכן ישראל הם צבאו של ה' [רש"י]. המלאך פותח בציווי שַׁל, שפירושו הסר [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ], ומבחינה דקדוקית יש לקרוא מילה זו בקריאה קצרה וללא הארכה [מנחת שי].
הנימוק הגלוי להוראה זו הוא כִּי הַמָּקוֹם אֲשֶׁר אַתָּה עֹמֵד עָלָיו קֹדֶשׁ הוּא, ולכן מן הראוי לעמוד עליו ברגליים יחפות [מצודת דוד]. מעבר למשמעות הפיזית, הסרת הנעל מהווה סמל רוחני. זוהי קריאה ליהושע לפשוט מעליו את מגבלות החומר, כדי להיות מוכן וראוי לקבלת השפע הנבואי ודבר ה' שעומד להתגלות אליו [מלבי"ם]. התגלות זו דרך מלאך גם מדגישה את ההבדל בין מדרגתו של יהושע לזו של משה רבו. בעוד שיהושע נזקק למלאך כמתווך, משה הגיע למדרגה שבה לא חפץ ולא נזקק לשליח או לאמצעי כלשהו לצורך קבלת נבואותיו ועשיית מופתיו [מלבי"ם].
לצד הנימוק של קדושת המקום, קיימת גישה המציעה רובד נוסף ונסתר לציווי הסרת הנעל, הקשור באבלות. על פי גישה זו, עם הפסקת ירידת המן הצטווה יהושע לחלוץ את נעלו כאות אבלות על התורה, שכן התורה ניתנה רק לאוכלי המן. פירוש זה מעורר קושי, שכן התגלות המלאך אירעה ביום השבת, וביום זה חל איסור על אבלות בפרהסיא. הפתרון לכך טמון בנימוק הכפול: המלאך סיפק את הסיבה הגלויה של קדושת המקום, כדי שיהושע יוכל לחלוץ את נעלו בפני כול מבלי שהדבר ייראה כהפרה של דיני שבת, בעוד שהסיבה הפנימית והאמיתית למעשה הייתה האבלות על הסתלקות המן [חנוכת התורה].