נחמיה מתחיל את משימתו בירושלים תחת מעטה של סודיות כבדה. פעולותיו נעשות בחשאיות ובחסות החשיכה, מתוך תכנון מדוקדק שנועד להסתיר את כוונותיו.
כאשר הוא מציין מָה אֱלֹהַי נֹתֵן אֶל לִבִּי, הכוונה היא לדברים שה׳ מעורר בליבו לעשות לטובתה של ירושלים [מצודת דוד]. יציאתו של נחמיה בלילה נועדה לשמור על חשאיות מוחלטת [ביאור שטיינזלץ], והפרשנים מציעים מניעים שונים להסתרה זו. הגישה המרכזית היא שנחמיה נמנע מלחשוף את תוכניתו לבנות את החומה, כדי שהאויבים לא יזדרזו לקום ולהפריע למלאכה, כפי שאכן ניסו לעשות בהמשך [מלבי"ם]. לעומת זאת, גישה ייחודית ומפתיעה מציעה כי ההליכה החשאית נועדה לטובת פעולה טקטית ופסיכולוגית פנימית: נחמיה ואנשיו יצאו בלילה כדי להרוס ולהפיל חלקים נוספים מחומות העיר ולייצר בהן פרצות חדשות. מטרת הפעולה הייתה לגרום לכך שלמחרת בבוקר יהיו תושבי העיר להוטים, וכך יסכימו פה אחד עם תוכניתו של נחמיה לבנות את החומות מחדש [רש"י].
כדי להבטיח את הצלחת המבצע החשאי, נחמיה לוקח עמו רק אנשים מעטים. הצירוף וּבְהֵמָה אֵין עִמִּי מלמד כי האנשים שהתלוו אליו לא רכבו על בהמות אלא הלכו ברגל [רש"י, מצודת דוד]. ההליכה הרגלית נועדה למנוע רעש [מלבי"ם] ולהבטיח שהיציאה מן העיר תיעשה בצנעה ובלי שאף אדם יבחין בהם [רש"י].
מתוך כל החבורה, רק נחמיה לבדו רכב על בהמה, ככל הנראה סוס או פרד [רש"י, ביאור שטיינזלץ]. הביטוי רֹכֵב בָּהּ מתפרש בפשטות כרכיבה עליה, על הבהמה עצמה [אבן עזרא, מצודת ציון].