התבוננות האדם בעצם קיומו, במורכבות גופו ובסוד נשמתו, מעוררת בו יראת כבוד ופליאה עמוקה. ההכרה בפלא היצירה מובילה להודיה טבעית לבורא, ששילב יחד חומר ורוח ליצירה אחת שלמה.
המילה נִפְלֵיתִי מבטאת דבר פלאי ומכוסה, והמילה נוֹרָאוֹת מתארת עלילות ופעולות כבירות. המשורר מודה לה' על תהליך יצירתו המורכב, החל מהיותו עובר במעי אמו. בניגוד לפעולת האדם, שבה זריעת מין אחד בערוגה מצמיחה תוצר זהה, או שימוש בצבע אחד ביורה מניב גוון אחיד, יצירתו של ה' ברחם מובילה לכך שכל אדם נולד כיצירה ייחודית ושונה [תורה תמימה]. חכמת הבורא מתגלית גם במבנה האנטומי של האדם, שבו כל איבר נברא בתכנון מדויק ולתכלית ברורה, דבר שחכמי המדע והרפואה עומדים מולו בהשתאות [רד"ק].
הפרשנים מצביעים על שילוב מופלא בין הגוף לנפש המשתקף בפסוק. מצד אחד, נִפְלָאִים מַעֲשֶׂיךָ מתייחס לגוף החומרי. כשם שאמן המגלף יצירה מורכבת בחומר גס כאבן מדגים את גודל כישרונו, כך יצירת גוף האדם מעפר היא פלא של עשייה. מצד שני, וְנַפְשִׁי יֹדַעַת מְאֹד מתייחס לנפש הרוחנית, שפלאיותה נובעת מעצם מהותה הגבוהה והנעלמת [מלבי"ם].
מהותה של אותה ידיעת הנפש נידונה בהרחבה. הגישה המרכזית בקרב הפרשנים רואה בידיעה זו את היתרון האנושי על פני שאר בעלי החיים. אף שגם בעלי החיים נבראו במורכבות מופלאה, רק לאדם ניתנה נפש משכלת המסוגלת להכיר בפלאי הבריאה ולהודות עליהם [רד"ק, מאירי]. הנפש משמשת למעשה כעדה המעידה על גדולת מעשי ה' [אבן עזרא, ביאור שטיינזלץ]. גישה ייחודית מרחיבה ידיעה זו אל מעבר לגבולות העולם הזה, ומסבירה כי בהיות האדם עובר, נשמתו צופה מסוף העולם ועד סופו ולומדת את סודות התורה. אף על פי שעם הלידה הגוף שוכח את שלמד, הנפש עדיין יודעת וזוכרת, ועל ידי יגיעה ושקידה יכול האדם לדלות את הידע הזה ממעמקי נשמתו אל מודעותו [אלשיך].
לצד זאת, מתקיימת מחלוקת באשר ליכולת ההשגה של הנפש. בעוד שחלק מן הפרשנים מבינים כי הנפש יודעת ומשיגה היטב את פלאי ה', פרשנים אחרים טוענים את ההיפך: מעשי ה' כה נשגבים ומכוסים, עד כי למרות שהנפש משכלת ויודעת דברים רבים, היא איננה מסוגלת להכיל ולדעת באמת את סוד מעשיו [מצודת דוד, ר' יהודה הלוי באבן עזרא].
הבדלי הגישות באים לידי ביטוי גם בהבנת התחביר של סוף הפסוק. רוב הפרשנים קוראים את המילים יֹדַעַת מְאֹד ברצף, כלומר הנפש יודעת היטב או שהנפש היודעת היא פלאית מאוד. אולם, יש המציעים קריאה שונה של הפסוק, לפיה המילה מְאֹד מתייחסת דווקא לתחילת המשפט – מעשיך נפלאים מאוד, ואת זאת נפשי יודעת [ר' משה באבן עזרא, מאירי].