בשעות החשיכה והמשבר, עולה זיכרון העבר המאיר ומעורר באדם חשבון נפש עמוק וחיפוש אחר תשובות. המשורר שרוי במצב של התבודדות והתבוננות פנימית, שבו הניגוד בין שמחת העבר למצוקת ההווה מוביל לחקירה רוחנית נוקבת.
המילה בַּלָּיְלָה מתפרשת הן כפשוטה – שעת הלילה שבה מחשבותיו של האדם פנויות וצלולות [מצודת דוד], והן כמטאפורה לתקופת הגלות החשוכה [רש"י, מאירי]. המשורר מצהיר אֶזְכְּרָה נְגִינָתִי, כלומר הוא נזכר בשירות ההודיה ששר לה' בעבר על חסדיו [ביאור שטיינזלץ]. זיכרון זה מיוחס לניגונים שהיו מנגנים בימי קדם בבית המקדש [רש"י, מצודת דוד, אבן עזרא], או לשמחה שהייתה מנת חלקם לאחר הגאולה מגלות מצרים [רד"ק]. מנגד, יש המפרשים את המונח נְגִינָתִי כרמז לתפילה [מאירי], לרינה של לימוד התורה שעיקרה בלילה [אלשיך], או אף כרמז לנבואת הישועה העתידית [מאירי]. מבחינה תחבירית, יש המבארים כי הזיכרון עצמו מתרחש בלילה, כלומר בלילה הוא נזכר בניגונו [מלבי"ם], בעוד אחרים מציעים שהמשורר נזכר כיצד היה נוהג לנגן בעצמו בשעות הלילה [אבן עזרא].
בעקבות הזיכרון, המשורר פונה לדיאלוג פנימי: עִם לְבָבִי אָשִׂיחָה. הוא מהרהר, מתחבט ומשוחח עם עצמו [ביאור שטיינזלץ, מצודת דוד]. שיח זה מתואר גם כתהליך תשובה שבו האדם מתעמת עם שני יצריו, עורך חשבון צדק של זכויותיו ועבירותיו, ומברר כיצד לתקן את מעשיו [אלשיך].
מתוך התחבטות זו, וַיְחַפֵּשׂ רוּחִי. המילה וַיְחַפֵּשׂ משמעותה חקירה ודרישה לעומק [מצודת ציון, מלבי"ם]. רוב הפרשנים מסכימים כי ה"רוח" וה"לב" מייצגים שניהם את כוח המחשבה של האדם [רד"ק]. אולם, קיימות גישות שונות בשאלה מה בדיוק מחפשת הרוח. גישה אחת מסבירה כי הרוח מחפשת פתרונות ותשובות [ביאור שטיינזלץ], ומנסה להבין מה יהיה סופו של המצב הקשה [מצודת דוד]. גישה שנייה קושרת זאת להמשך המזמור, ומסבירה כי הרוח חוקרת את מידותיו של ה' ותוהה שמא הוא זנח את עמו לעולמים [רש"י, אבן עזרא]. גישה שלישית רואה בכך תהליך של חיפוש עצמי, שבו נשמת האדם חוקרת את דרכיה שלה, כנר המחפש בפינות אפלות, כדי לשוב בתשובה שלמה [אלשיך].