מבצע טיהור המקדש וחידוש העבודה בו דרש זמן רב והכנה מדוקדקת, בשל מצבו העגום של הבית לאחר שנות ההזנחה והטומאה. התהליך כולו ארך שישה עשר ימים, והוא נחלק לשני שלבים מרכזיים של שמונה ימים כל אחד.
וַיָּחֵלּוּ, כלומר התחילו, בְּאֶחָד לַחֹדֶשׁ הָרִאשׁוֹן שהוא חודש ניסן, לְקַדֵּשׁ ולטהר את ההיכל. בשלב הראשון, שנמשך מראש חודש ועד היום השמיני בו, הפעולה התמקדה בקידוש הלויים [ביאור שטיינזלץ] ובטיהור כלי המקדש [מלבי"ם]. הסיבה לכך ששלב זה ארך שמונה ימים היא טומאת מת חמורה שדרשה תהליך היטהרות הכולל הזאת מי חטאת ביום השלישי וביום השביעי. על פי התלמוד הירושלמי, טומאה זו נבעה מכך שמצאו את גולגולתו של ארוונה קבורה תחת המזבח [מלבי"ם].
ביום השמיני הגיעו המטהרים לאולם ה', והחלו לטהר אֶת בֵּית ה', הוא ההיכל עצמו. גם שלב זה ארך שמונה ימים, והפרשנים מציעים סיבות שונות לאורכו. גישה אחת מסבירה כי המלך אחז צייר דמויות של עבודה זרה על כל כותלי המקדש, והיה צורך בשמונה ימים שלמים רק כדי להשחית ולגרד את כל הצלמים מן הקירות [רש"י]. גישה אחרת מבארת כי לאחר שהכהנים עסקו בטיהור הכלים מטומאת המת בשבוע הראשון, הם עצמם נטמאו, והוצרכו לשמונה ימים נוספים כדי לטהר את עצמם [מלבי"ם].
לבסוף, ביום השישי עשר לחודש ניסן, כִּלּוּ המטהרים את מלאכתם וסיימו לטהר לחלוטין את כל חלקי המקדש והעזרה [מצודת דוד].