ברגע של ניצחון שבו יכול היה להסיר את האיום מעל חייו, מתעוררת לפתע רגישותו המוסרית של דוד והוא חווה חרטה עמוקה על פגיעה בסמכות המלכותית.
הביטוי וַיַּךְ לֵב דָּוִד אֹתוֹ מתפרש כייסורי מצפון. ליבו של דוד ייסר אותו [ביאור שטיינזלץ] והוא חש מועקה ופחד פנימי [רד"ק]. תגובה זו מעידה על כך שאדם בעל לב שלם וטהור מרגיש חרטה וזעזוע מיידי גם כאשר הוא עושה פעולה רעה קטנה [מלבי"ם].
הסיבה לחרטה זו, עַל אֲשֶׁר כָּרַת אֶת כָּנָף אֲשֶׁר לְשָׁאוּל, נובעת מכך שגם פגיעה שולית במלבושיו של המלך מהווה ביזיון למלכות [ביאור שטיינזלץ]. דוד הבין כי עשה עוול בעצם הפגיעה בבגדי המלך, קל וחומר שאסור היה לו לפגוע בגופו [מלבי"ם], והוא חשש שמא ה' יחשיב לו מעשה זה כעוון, שכן למרות ששאול רדף אחריו, עדיין הייתה חובה לירוא מפניו [רד"ק].
מתוך הכאת הלב הזו, הבין דוד כי מורא המלכות עדיין מוטל עליו וכי תקופת מלכותו של שאול טרם הסתיימה [מלבי"ם]. יתרה מכך, דוד ראה בייסורי המצפון הללו מסר ישיר מאת ה'. בניגוד לאנשיו שטענו כי ה' מסר את שאול בידו כדי שיהרוג אותו, דוד הבין שה' הוא שעורר את ליבו להרגיש אשמה אפילו על חיתוך הכנף, כדי להזהירו לבל ישלח בו יד [אלשיך].
הפרשנים מרחיבים ומסבירים כי הפגיעה בשאול הייתה מגונה ופסולה משתי סיבות מרכזיות [אברבנאל, אלשיך]:
ראשית, שאול היה אדונו של דוד. דוד נהג לאכול על שולחנו של שאול, וישנה חובה עצומה לכבד את מי שפתח בפניך את פתחו [אלשיך]. פגיעה באדון נחשבת למעשה של קשר ומרידה [אברבנאל].
שנית, שאול הוא משיח ה'. למרות שאנשי דוד טענו כי שאול כבר נמאס על ידי ה' וכי דוד הוא המלך המשיח כעת, דוד עמד על כך ששאול עדיין נושא את התואר המקודש של משיח ה' [אברבנאל]. אף על פי שדוד נמשח בשמן המשחה המקודש ואילו שאול נמשח רק בפך אפרסמון, מעמדו של שאול כמשיח ה' עמד בעינו [אלשיך].
מעבר לחסידותו, ישרותו וביטחונו המוחלט שה' יביא את סופו של שאול בדרך טבעית וימליך אותו בזמן הנכון, עמד מאחורי מעשהו של דוד גם מניע חינוכי ופוליטי לעתיד. דוד ידע שהוא עתיד למלוך, ולכן היה לו חשוב לבסס תקדים של שמירה קפדנית על כבוד המלכים, כדי ללמד את העם שלא להקל ראש בכבוד המלכות לעולם [אברבנאל].