קול מסתורי חוזר ומהדהד בחלל המשכן באישון לילה, עד שהוא מוביל לנקודת מפנה שבה מתפזרת אי ההבנה. ההתרחשות החוזרת ונשנית גורמת לכהן הזקן לפענח את התעלומה ולהבין כי חניכו הצעיר חווה התגלות אלוהית.
המילה בשלישת מציינת כי הקריאה התרחשה בפעם השלישית [מצודת דוד], והיא נכתבת במסורת המקרא חסרה, ללא האות יו"ד השנייה [מנחת שי]. הכתוב מציין ויבן, מילה הנגזרת משורש בינה [מצודת ציון], כדי להדגיש את תהליך ההכרה השכלית שעבר עלי.
הפרשנים מסבירים את התפתחות ההבנה של עלי לאורך הלילה. בפעמים הראשונות, עלי הניח כי מדובר בדמיון שווא של נער מתוך שנתו [רד"ק], אם כי כבר בפעם השנייה החל להתעורר בו ספק שמא מדובר בדבר ה' [אלשיך]. אולם כאשר הקריאה חזרה על עצמה ברציפות בפעם השלישית, ושמואל הגיע אליו כשהוא ער לחלוטין, הבין עלי בבירור כי אין מדובר בחזיון תעתועים אלא בקול נבואי [רד"ק, ביאור שטיינזלץ, אלשיך]. עלי הסיק זאת מכך ששמואל שמע קול מוחשי וברור, בעוד שהוא עצמו לא שמע דבר. תופעה זו, שבה הקול האלוהי מופנה ומושמע לאדם אחד בלבד בעוד הסובבים אותו אינם שומעים, מוכרת כחלק מדרכי הנבואה שהיו ידועות לעלי [רד"ק, אברבנאל].
מדוע בחר ה' להתגלות לשמואל בדרך פתלתלה זו, שגרמה לו לטעות ולרוץ אל עלי שוב ושוב? גישתם המרכזית של הפרשנים היא שהדבר נעשה בכוונת מכוון כדי לערב את עלי בהתרחשות. לו הייתה הנבואה מגיעה לשמואל באופן ישיר וברור, הוא ככל הנראה היה מתבייש וחושש לספר לעלי רבו את הבשורות הקשות על חורבן ביתו. ההליכה החוזרת של שמואל אל עלי גרמה לכהן להבין שמתרחש דבר מה חריג, מה שהוביל אותו בסופו של דבר לדרוש משמואל לחשוף בפניו את תוכן ההתגלות בבוקר [אברבנאל, מלבי"ם].
על גבי תפיסה זו מוסיף [מלבי"ם] רובד נוסף, ומבאר כי נבואה זו לא הייתה "שליחות" רגילה שנועדה לעורר אדם לתשובה, שכן גזר הדין על בית עלי כבר נחתם בשבועה ולא ניתן היה לבטלו. לכן, שמואל קיבל את הנבואה כהודעה בלבד, ולא הייתה עליו חובה נבואית להעביר אותה הלאה. בדיוק משום כך סיבב ה' את הדברים כך שעלי ירגיש בהתרחשות וישביע את שמואל לספר לו, ובכך המידע הועבר אליו למרות ששמואל לא היה מחויב בכך מעצם שליחותו.