הקריאה החוזרת באישון לילה מעוררת תגובות שונות ומחושבות יותר, הן מצד הנער והן מצד רבו. בניגוד לפעם הראשונה, כאשר שומע שמואל את הקריאה שנית, הוא אינו עונה מיד ממקומו וגם אינו רץ אל עלי [מלבי"ם, אברבנאל]. שינוי זה בהתנהגותו נובע מתחושת בושה בעקבות טעותו הקודמת [מלבי"ם, אברבנאל], וכן מספק שהחל להתעורר בו שמא הקול שהוא שומע אינו אלא פרי דמיונו [ביאור שטיינזלץ]. למרות זאת, וַיֵּלֶךְ אֶל עֵלִי, שכן לאור הנר ראה שאין אדם אחר במשכן שיכול היה לקרוא לו [ביאור שטיינזלץ]. הפעם פנייתו של שמואל אל רבו החלטית יותר, מתוך תחושה שכעת, לאחר שהקול חזר על עצמו, עלי לא יוכל להכחיש שקרא לו [אברבנאל].
תגובתו של עלי משתנה אף היא. הוא עונה לשמואל ברכות וללא גערה, תוך הוספת המילה בְנִי. הפרשנים מציעים שני כיוונים מרכזיים להוספת מילת חיבה זו. הגישה המרכזית [מלבי"ם, אברבנאל] מסבירה שעלי החל לחשוד שאין מדובר בדמיון או בחלום [ביאור שטיינזלץ], שכן תעתועי דמיון אצל אדם בריא אינם נוטים לחזור על עצמם שוב ושוב [אברבנאל]. לכן, הוא מדבר על לבו של שמואל באהבה כדי שלא יתעצב ויתבייש, שהרי העצבות מונעת את השראת הנבואה, ושולח אותו לשכב שוב כדי לראות אם הקריאה תחזור [מלבי"ם]. מנגד, יש המפרשים שהשימוש של עלי במילה בְנִי נועד דווקא להוכיח לשמואל שלא הוא הקורא. דרכו של עלי הייתה לקרוא לתלמידו האהוב "שמואל בני", ומאחר שהקול המסתורי קרא "שמואל" בלבד, מסביר עלי לנער שעליו להבין מיד שאין זה קולו של רבו, אלא דמיון מתוך חבלי השינה [חומת אנך].