ארון הברית, אשר בדרך כלל נסתר מעין אדם בקודש הקודשים ועטוף באימה גדולה, שב לישראל. שמחתם של אנשי בית שמש על חזרתו הפכה לאסון משום שלא נהגו בו ביראת הכבוד הראויה לה.
הפרשנים מציעים מספר הסברים למהות החטא המסתתר במילים כִּי רָאוּ בַּאֲרוֹן ה'. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהאנשים פרצו את גבולות המותר, פתחו את הארון והביטו אל תוכו, מעשה שעליו חייבים מיתה [מצודת דוד, רד"ק, אברבנאל]. יש המסבירים כי הם פשוט השאירו אותו מגולה כדי לספק את סקרנותם, ואולי אף התהוללו מעט מתוך תחושת ניצחון [ביאור שטיינזלץ]. מבחינה לשונית, השימוש באות בי"ת במילה בַּאֲרוֹן מורה על התבוננות חוקרת ומעמיקה יותר מן הראוי, המעידה על חוסר יראה וכבוד [מלבי"ם], או על ראייה מתוך זלזול ובזיון [רד"ק].
לצד זאת, קיימות גישות המפרשות את החטא כפגם בהתנהגות. יש הסבורים כי האנשים המשיכו לקצור את שדותיהם ולא עזבו את מלאכתם לכבוד הארון [רלב"ג, רד"ק, אברבנאל], ויש המציינים כי הם דיברו כלפי הארון דברים בוטים ושלא כהוגן [רד"ק, אברבנאל]. דעה נוספת גורסת כי חטאם של השבעים שמתו נבע מכך שפחדו מכוחו הקטלני של הארון, וביקשו לשלח אותו מעליהם ממש כפי שעשו הפלשתים [אברבנאל].
התיאור המספרי של המכה, שִׁבְעִים אִישׁ חֲמִשִּׁים אֶלֶף אִישׁ, עורר מחלוקת ענפה, בין היתר משום שחסרה בו אות החיבור וי"ו שהייתה אמורה לחבר בין המספרים [רד"ק]. הגישה הראשונה מבינה את המספרים כפשוטם, ולפיה מתו שבעים מזקני העם ועוד חמישים אלף מיתר הקהל [רש"י, רלב"ג, רד"ק].
מנגד, גישה שניה בוחנת את המספרים באופן איכותי ולא כמותי. לפי גישה זו, מתו רק שבעים איש מגדולי העיר, אך בשל מעלתם הרבה כל אחד מהם היה שקול כנגד חמישים אלף איש. לחלופין, מתו חמישים אלף איש, שכל אחד מהם היה שקול כנגד שבעים חברי הסנהדרין [רש"י, מצודת דוד, רלב"ג, רד"ק].
גישה שלישית מציעה פתרון יחסי למספרים. לפי פירוש זה, אל העיר הקטנה התקבצו חמישים אלף איש מכל הסביבה, ומתוכם הכה ה' שבעים איש בלבד. חסרונה של האות מ"ם לפני המילה חמישים יוצרת משמעות של שבעים מתוך חמישים אלף, אך האבל היה כה כבד עד שנדמה היה להם כאילו כל החמישים אלף נגועו [מלבי"ם].
לבסוף, ישנה גישה הדוחה את האפשרות שחמישים אלף מישראל ימותו בעיר קטנה על חטא קל יחסית. לפיכך, המכה בבית שמש הסתכמה בשבעים איש בלבד. המספר חמישים אלף מסכם את סך כל ההרוגים שמתו בעטיו של הארון מתחילת הסיפור, וכולל בתוכו בעיקר את רבבות הפלשתים שהוכו בערים השונות עוד בטרם הגיע הארון לבית שמש [אברבנאל].