מסע העגלה נושאת הארון מגיע ליעדו תוך הכוונה ניסית, ומסתיים בהקרבת קורבן לה'. העגלה סטתה מן הדרך ונכנסה אל שדהו של אדם בשם יהושע, שהיה בֵּית הַשִּׁמְשִׁי, כלומר תושב העיר בית שמש [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ]. העגלה נעצרה דווקא שם משום שבאותו מקום עמדה אבן גדולה, אשר הוכנה מראש בהשגחה אלוהית כדי שהארון יונח עליה [מלבי"ם].
המילה וַיְבַקְּעוּ נקראת עם דגש באות קו"ף [מנחת שי]. באשר לזהות אלו שבקעו את עצי העגלה והעלו את הפרות לעולה, קיימת מחלוקת בין הפרשנים. גישה אחת גורסת כי אנשי בית שמש הם אלו שהקריבו את הקורבן על מזבח שבנו במקום [רד"ק, רלב"ג]. מנגד, יש הסבורים כי סרני הפלשתים הם שציוו להעלות את הקורבן, שכן העגלה והפרות היו רכושם, ואנשי בית שמש לא היו פועלים על דעת עצמם ללא אישורם [מלבי"ם]. דעה זו מופיעה גם במדרש, המסביר כי מבחינה הלכתית קשה לקבל שישראל הקריבו בהמות של עובדי אלילים, ולכן הפלשתים הם שהקריבום [רד"ק].
הקרבת הַפָּרוֹת כקורבן עֹלָה מעוררת קושי הלכתי נוסף, שהרי קורבן עולה אמור להיות זכר, וההקרבה נעשתה מחוץ למשכן. ההסבר לכך הוא שבאותה תקופה, לאחר חורבן שילה, הותרה ההקרבה בבמות יחיד, ובבמה כזו מותר להקריב גם נקבה. לחלופין, אם ישראל הם אלו שהקריבו את הפרות, מדובר היה בהוראת שעה חריגה וזמנית [רד"ק].