עם תבוסת העם והבקעת חומות העיר, התמודדו הניצולים עם טרגדיה אנושית קשה, כאשר חיילי האויב שפלשו פגעו באכזריות בנשות העם. הגישה המרכזית בקרב הפרשנים היא שהמילה עִנּוּ מתייחסת למעשה של אונס ושכיבה בכפייה, מעשה שהוסיף נדבך של השפלה וסבל על צרות הרעב והחורבן [אבן עזרא, ביאור שטיינזלץ, צאינה וראינה].
הפרשנים עומדים על החלוקה בפסוק בין נָשִׁים בְּצִיּוֹן לבין בְּתֻלֹת בְּעָרֵי יְהוּדָה, ומציעים לכך מספר הסברים היסטוריים ורוחניים. גישה אחת רואה בתיאור הכפול מעין דיאלוג של מידה כנגד מידה: המקונן זועק על כך שהאויבים עינו נשים נשואות בציון, ורוח הקודש משיבה לו שהדבר קרה משום שבעבר, בני ישראל בעצמם היו עושקים ומענים את הבתולות בערי יהודה [לחם דמעה].
כיוון פרשני אחר קושר את המילים לגזרות האכזריות שהוטלו על העם. בעוד שבתחילת הגלות נאנסו הנשים הנשואות בציון על ידי הפולשים, לאחר מכן התקבע חוק שלפיו כל בתולה שנישאת תיבעל קודם לכן להגמון נוכרי [לחם דמעה]. בערי יהודה, שבהן היה נהוג שהחתן והכלה מתייחדים מיד בשעת הקידושין ללא הפסק, השלטונות נאלצו לאכוף את הגזרה ולפגוע בנערות בעודן בתולות לחלוטין, עוד בטרם החל טקס הקידושין [אלון בכות].
גישה נוספת תולה את ההבדל בין הנעשה בציון לנעשה ביהודה בזהותם של צבאות הכובשים. נבוכדנצר, שחשש כי אין לו מספיק זכויות כדי לכבוש את ירושלים בעצמו, צירף אליו את בני אדום. וכך, בעוד שהאדומים כבשו את ציון, חילו של נבוכדנצר פשט על שאר ערי יהודה [אלון בכות]. שר הצבא הבבלי, נבוזראדן, שהכיר בכך שה׳ שונא זימה, חרד מלהכעיס את האלוהים והזהיר את חייליו שלא לפגוע בנשים נשואות. בעקבות אזהרה זו, נשים פנויות רבות מיהרו לבקש מגברים שיישאו אותן לאישה ולו רק כדי לזכות בהגנה, ורק מעטות שלא עשו זאת נפגעו. משום כך, בערי יהודה פגעו הכשדים רק בבתולות הפנויות. לעומת זאת, האדומים שכבשו את ציון לא נשמעו לאזהרות אלו, פרצו את כל הגדרות, ועינו גם את הנשים הנשואות [תורה תמימה, מנחת שי, אלון בכות].