אכילת קודשים אינה רק צורך קיומי עבור הכהנים, אלא פעולה רוחנית הדורשת אחריות רבה וטהרה. הכתוב שלפנינו מזהיר את הכהנים לשמור על קדושת התרומה הניתנת להם, ומבהיר את ההשלכות החמורות של זלזול בקדושה זו באמצעות אכילתה בטומאת הגוף.
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהציווי וְשָׁמְרוּ אֶת־מִשְׁמַרְתִּי מתייחס לאזהרה שלא לאכול תרומה בטומאת הגוף. התרומה מכונה "משמרת" משום שהיא פיקדון קדוש שהופקד בידי הכהנים כדי שיוכלו להתמסר לתורה ולעבודת ה', ואם לא ייזהרו בה, היא עלולה להפוך להם למכשול [העמק דבר, רש"ר הירש, הופמן]. יש המפרשים כי כל אכילת קודש דורשת כוונה מיוחדת כפי שנמסר בקבלה [שפתי כהן]. מאחר שהפועל מנוסח בלשון רבים, בניגוד ללשון יחיד בפסוקים קודמים, מפרשים רבים לומדים כי זוהי קריאה לבית הדין לקבוע סייגים ותקנות כדי להפריש את הכהנים מאיסור זה [מזרחי, תורה תמימה, מלבי"ם, גור אריה].
המילה עָלָיו בפסוק מעוררת דיון לגבי מושאה. רוב הפרשנים מסבירים כי היא חוזרת על המילה "קודש" או על לחם התרומה שהוזכרו בפסוקים הקודמים [שד"ל, מלבי"ם, ביאור יש"ר, רש"ר הירש]. מנגד, יש הסבורים כי המילה רומזת למקדש עצמו [אבן עזרא, ברכת אשר].
הפרשנים מסכימים כי העונש על אכילת תרומה טהורה בטומאת הגוף הוא מיתה בידי שמים, ולא עונש מוות הניתן על ידי בית דין אנושי. מסקנה זו נלמדת מכמה סיבות: ראשית, המילה וּמֵתוּ מנוסחת בצורה של תוצאה ולא נאמר "יומתו" המעיד על הוצאה להורג בידי אדם [מזרחי, רש"ר הירש]. שנית, לשון הרבים מצביעה על עונש כללי ואלוקי, בעוד שמיתת בית דין מוטלת על כל יחיד בנפרד [גור אריה]. שלישית, המילה בּוֹ מלמדת שהמיתה נגרמת מעצם מעשה האכילה האסור [גור אריה, רש"ר הירש]. בנוסף, הצירוף וְלֹא־יִשְׂאוּ עָלָיו֙ חֵ֔טְא מדגיש שהחוטא נושא את עוונו עד שייענש משמים [משכיל לדוד, דברי דוד]. המילה בּוֹ משמשת גם כהמעטה, המלמדת שעונש המיתה חל דווקא על תרומה, אך לא על מתנות כהונה אחרות שכהן טמא אוכל, כמו מעשר או ראשית הגז [תורה תמימה, מלבי"ם, אדרת אליהו]. עונש זה של מיתה בידי שמים נחשב לקל יותר מעונש כרת, שכן הוא פוגע רק בחוטא עצמו ולא בזרעו [הופמן].
הנימוק לעונש הוא כִּ֣י יְחַלְּלֻ֑הוּ, כלומר, חילול הקודש והורדתו מקדושתו. מילה זו מדייקת את ההלכה: העונש החמור חל רק כאשר כהן טמא אוכל תרומה טהורה. אך אם התרומה עצמה כבר הייתה טמאה, היא נחשבת כמחוללת ממילא, ולכן האוכל אותה עובר אמנם על איסור, אך פטור ממיתה בידי שמים [תורה תמימה, רלב"ג, מלבי"ם, רש"ר הירש, אדרת אליהו].
חתימת הפסוק אֲנִ֥י יְהֹוָ֖ה מְקַדְּשָֽׁם מסבירה את חומרת העונש. ה' עצמו קידש את הקודשים הללו מרגע שישראל הפרישו אותם, ולכן ראוי שהכהנים ייענשו על חילולם [ספורנו]. פירוש נוסף רואה בכך רמז לכך שה' נאמן להיפרע ולהעניש את החוטאים בעצמו [שפתי חכמים, שפתי כהן], ויש הלומדים מכאן שה' מקיים את גזירות התורה תחילה בעצמו, ולכן חותם בשמו [תורה תמימה].