חלוקת ערי המקלט מציגה חוסר איזון מספרי בולט. התורה קובעת שש ערים ייעודיות, אך מחלקת אותן בשווה: שלוש בעבר הירדן, שם ישבו רק שניים וחצי שבטים, ושלוש בארץ כנען, שם ישבו תשעה וחצי שבטים.
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים מסבירה שהשוואת המניין נובעת מאופיו של חבל הארץ המזרחי. אזור גלעד שבעבר הירדן היה ידוע כמקום שבו ישנם רוצחים רבים, כפי שמתואר בספר הושע כעיר "עקובה מדם", ביטוי שמשמעותו עיר של מארבים ושפיכות דמים [רש"י, שפתי חכמים].
אולם, קביעה זו מעוררת קושי מהותי שנידון בהרחבה: הרי ערי המקלט נועדו להגן על רוצחים בשגגה בלבד, ואם כן, מדוע ריבוי של רוצחים במזיד מצריך תוספת של ערי מקלט?
לשאלה זו מציעים הפרשנים מספר כיווני חשיבה. הגישה המשפטית מסבירה שעל פי הדין, בתחילת התהליך כל הרוצחים, בין בשגגה ובין במזיד, היו בורחים לערי המקלט עד לבירור דינם בבית הדין. לכן, ריבוי מקרי הרצח חייב היערכות מוגברת לקליטת המוני נמלטים [חזקוני, משכיל לדוד, דברי דוד]. גישה קרובה טוענת כי הרוצחים במזיד היו נוהגים במרמה ומציגים את עצמם כרוצחים בשגגה, ולכן היה צורך בערים רבות כדי לקלוט את כולם עד שיתברר מי באמת שוגג ומי מזיד [רמב"ן, מזרחי].
גישה אחרת מתמקדת בהשגחה האלוהית ובעשיית צדק נסתר. לפי פירוש זה, ה' מכוון את האירועים כך שרוצחים במזיד ורוצחים בשגגה, ששניהם פעלו ללא עדים ולא נענשו, יזדמנו לאותו פונדק בגלעד. שם, הרוצח בשגגה נופל והורג את הרוצח במזיד לעיני עדים, וכך נעשה צדק והרוצח בשגגה גולה לעיר המקלט. בשל כך, נדרשו בגלעד ערים רבות לקלוט את אותם גולים שה' זימן לשם מכל רחבי הארץ [דעת זקנים, הדר זקנים, שפתי חכמים].
לצד זאת, יש המציעים הסברים חברתיים ורוחניים. תרבות של זלזול בחיי אדם מובילה בהכרח גם לחוסר זהירות המרבה רציחות בשגגה, וייתכן אף שאוויר המקום עצמו מגדל אנשים המועדים לשפיכות דמים [גור אריה]. בנוסף, הריחוק מבית המקדש ומנוכחותו של הכהן הגדול, שנועד להרבות שלום, מחליש את ההשפעה הרוחנית וגורם לריבוי תקלות ומכשולים [ברכת אשר].
מנגד, ישנה גישה החולקת על עצם ההנחה שהיה חוסר איזון. לפי דעה זו, כל ארבעים ושתיים ערי הלויים שימשו גם הן כערי מקלט, וכך נשמר יחס ישר והוגן: שלושים ושש ערים בארץ כנען ורק שש בעבר הירדן. לחלופין, על דרך הפשט, עבר הירדן היה חבל ארץ עצום בגודלו, שנשלט בעבר על ידי שני מלכי אמורי אדירים, בניגוד לארץ כנען שהייתה מורכבת מערי מדינה קטנות. לכן, השטח העצום הצדיק הקצאת שלוש ערים. ייתכן גם שה' רצה לחלוק כבוד למשה רבנו, ולכן ריבה את הערים בעבר הירדן כדי שמשה יזכה להבדיל מחצית מהן עוד בחייו [רמב"ן, הטור הארוך]. ואכן, אלו הערים שמשה הבדיל בעצמו, אף שפירוט המעשה מופיע רק מאוחר יותר בספר דברים [רשב"ם, חזקוני].
בסיום הפסוק נכתב עָרֵי מִקְלָט תִּהְיֶינָה. הדגשה זו באה ללמד שייעודן ועיסוקן הבלעדי של ערים אלו יהיה לשמש כמקלט. בניגוד לשאר ערי הלויים שבהן המקלט היה תפקיד משני, ערים אלו לא יוקדשו לשום עסק או מטרה אחרת, אלא ייקראו ויתקיימו אך ורק על שם מהותן כערי הצלה [העמק דבר, רש"ר הירש].