הגבולות המקיפים את עיר המקלט אינם רק קווים גיאוגרפיים, אלא חומת מגן של חיים ומוות עבור הרוצח בשגגה, שחצייתם טומנת בחובה סכנה קיומית.
הפרשנים עומדים על הניסוח המדויק את גבול. מבחינה לשונית, משמעות המילה "את" בהקשר זה היא "מן", כלומר יציאה מתוך הגבול [אבן עזרא, חזקוני]. עם זאת, השימוש במילה זו מלמד על קרבה, ומכאן שהרוצח מתחייב בנפשו אפילו אם פסע פסיעה אחת בלבד מחוץ לתחום, תהא הסיבה ליציאתו אשר תהא [מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ, שפתי כהן]. תחום זה, המשתרע על פני אלפיים אמה סביב העיר, מעניק מחסה ומגן על הרוצח ממש כשם שהעיר עצמה קולטת אותו [רלב"ג, בכור שור, רש"ר הירש].
הכפילות בביטוי יצא יצא משמשת בסיס להבחנה משפטית חשובה בנוגע לכוונתו של הרוצח בעת עזיבת העיר. אם הרוצח יצא מתחום העיר במזיד ובכוונה תחילה, דמו בראשו; לגואל הדם מותר להורגו, וכל אדם אחר שיהרוג אותו יהיה פטור מעונש. לעומת זאת, אם הוא יצא מחוץ לגבולות בשוגג, הרי שכל פגיעה בו תיחשב לרצח לכל דבר, והוא אינו נענש במוות אלא מחויב לגלות שוב ולשוב מיד אל תוך עיר המקלט [תורה תמימה, רש"ר הירש].
השהות הכפויה בעיר נועדה, בין היתר, להשקיט את המיית ליבו של גואל הדם. התורה קבעה שהרוצח יישאר שם עד מות הכהן הגדול, שכן כאשר מנהיג כה רם ונישא הולך לעולמו, גואל הדם מוצא בכך נחמה מסוימת על מות קרובו [רלב"ג]. ברובד רוחני עמוק יותר, ההנחה היא שאם הרוצח אכן יצא מן העיר ומצא את מותו בידי גואל הדם, אין לראות בכך מקרה בלבד; הדבר מעיד כי עיר המקלט "פלטה" אותו החוצה בשל עוון אחר שהיה בידו. חובת הגלות היא מוחלטת ואינה פוקעת, והשימוש במילה ינוס בלשון עתיד רומז לכך שאפילו אם הרוצח מת לפני שהספיק לגלות, קיימת חובה להגלות את עצמותיו לעיר המקלט, ושם הן יישארו עד מות הכהן הגדול כדי להשלים את עונשו [שפתי כהן].