הקמת מערכת המקלט בישראל מוצגת לא רק כהוראה טכנית, אלא כמוסד משפטי שלם שחלקיו תלויים זה בזה. הכתוב מדגיש את המספר הכולל של הערים ואת אופי נתינתן, כדי ללמד על מהותה של עיר המקלט ועל התנאים להפעלתה.
המילה תִּתֵּנוּ מעוררת שאלה, שכן היה מתאים יותר להשתמש בלשון הפרשה או הקדשה. בחירת המילה באה ללמד על מסירה מוחלטת; הערים הופקעו לחלוטין מרשות השבטים לטובת הרוצחים בשגגה. בני השבט לא היו רשאים להשתמש בעיר לצרכים שגרתיים שעשויים למשוך מבקרים, כגון פריסת מצודות ציד, וזאת כדי למנוע מגואל הדם למצוא תירוץ להגיע לעיר באמתלה של עסקים וכך לפגוע ברוצח [העמק דבר].
התורה מדגישה את הצירוף שֵׁשׁ־עָרֵי מִקְלָט, למרות שבפסוק הבא החלוקה מפורטת לשלוש ערים בעבר הירדן ושלוש בארץ כנען. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהאזכור הכולל נועד ללמד שכל שש הערים מקושרות זו לזו מבחינה הלכתית. אף על פי שמשה רבנו כבר הבדיל שלוש ערים בעבר הירדן בחייו, ערים אלו לא קלטו והגנו על רוצחים בפועל עד שיהושע בן נון הפריש את שלוש הערים הנותרות בארץ כנען. מוסד המקלט חייב להיכנס לתוקף בו-זמנית ובשלמותו בכל שטחי השליטה הישראלית.
חלוקה זו של שלוש ערים לשני שבטים וחצי בעבר הירדן, לעומת שלוש ערים לתשעה שבטים וחצי בארץ כנען, מעוררת תמיהה בשל חוסר הפרופורציה. הפרשנים מציעים לכך מספר הסברים המשלימים זה את זה: ראשית, אזור גלעד שבעבר הירדן היה נגוע בשפיכות דמים. ה' מסבב את פני הדברים כך שרוצחים במזיד שהצליחו לחמוק מעונש יגיעו לאזור זה ויהרגו בשגגה על ידי אנשים שחייבים גלות, וכך ייעשה בהם צדק שמימי [רבנו בחיי, מלבי"ם]. מתוך דאגה זו לרוצחים, לומדים קל וחומר: אם ה' מתווה דרך ומקום מילוט לפושעים, על אחת כמה וכמה שהוא מורה דרך ישרה לצדיקים [רבנו בחיי]. שנית, עבר הירדן היה שטח גיאוגרפי עצום בגודלו בהשוואה לארץ כנען שהורכבה מערי-מדינה קטנות וצפופות, וכן ריבוי הערים שם נועד לחלוק כבוד למשה שכבש את האזור [רבנו בחיי בשם הרמב"ן]. בנוסף, הפירוט בפסוקים בא למנוע טעות, שמא נחשוב שכל שש הערים צריכות להיות מרוכזות בעבר הירדן בלבד [מלבי"ם].
המילה תִּהְיֶינָה טומנת בחובה שתי משמעויות הלכתיות נוספות. מצד אחד, היא מורה על קיום נצחי, ולכן עיר מקלט לעולם לא תוכל להפוך ל"עיר הנדחת" (עיר שתושביה עבדו עבודה זרה ודינה להיהרס ולהישרף לחלוטין ללא אפשרות בנייה מחדש) [תורה תמימה]. מצד שני, אף שמיקום הערים מוגבל לארץ ישראל ולעבר הירדן, הכפילות של המילה בפסוקים מלמדת שזכות המקלט פתוחה וקולטת גם יהודים שנסו אליהן מחוץ לארץ [תורה תמימה, מלבי"ם].