רחמיו העמוקים של ה' מתגלים דווקא ברגעים החשוכים ביותר של הטרגדיה האנושית. כאשר נלקחים חיים ללא כוונת זדון, התורה מייצרת איזון עדין ומדויק בין קדושת החיים, כאבה של משפחת הקורבן, וההגנה על ההורג בשוגג. מוסד ערי המקלט מגלם את האיזון הזה, ומשמש כמרחב פיזי ורוחני שנועד לעצור מעגל של שפיכות דמים ולהעניק מסלול של שיקום וכפרה.
בביאור המילה וְהִקְרִיתֶם קיימות מספר גישות מרכזיות. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים [רש"י, רשב"ם, תורה תמימה, ביאור שטיינזלץ] היא שהמילה מבטאת לשון של הזמנה והכנה, כלומר הציווי הוא להכין ולזמן ערים שיהיו מיועדות למטרה זו. מנגד, יש המפרשים [אבן עזרא, רבנו בחיי] שהמילה נגזרת מן השורש של המילה "קריה", כלומר עיר. מתוך מחלוקת לשונית זו עולה דיון על אופיין הפיזי של הערים: בעוד שקריה מתארת לרוב עיר מוקפת חומה ומבצר, הפרשנים מסבירים כי ערי המקלט חייבות להיות נטולות חומה כדי שלא לעכב את הנסים אליהן, ואם הייתה להן חומה – היה צורך להרסה [מלבי"ם, צפנת פענח]. לפיכך, הציווי הוא להכין עָרִים בגודל בינוני. הן אינן יכולות להיות כרכים גדולים והומי אדם, שכן שם עלול גואל הדם להיטמע בהמון ולארוב לרוצח, אך הן גם אינן יכולות להיות כפרים קטנים שאין בהם די מזון ומים כדי לקיים את חיי הגולים [תורה תמימה, רש"ר הירש]. פרשנות ייחודית נוספת [חומת אנך] מציעה שהמילה נגזרת מלשון "קריאה", שכן על פרשות הדרכים היו מוצבים שלטים שעליהם היה כתוב וקרוא המונח "מקלט".
הדרכים המובילות אל אותן ערים דרשו הכנה קפדנית. הן היו צריכות להיות רחבות, מתוחזקות ופנויות ממכשולים, כשבכל צומת הוצבו ציוני דרך ושלטים שהדריכו את הבורח [רש"ר הירש, צאינה וראינה, דעת זקנים, תורה תמימה]. מתוך כך נלמד קל וחומר מוסרי: אם ה' מתווה דרך כה ברורה ומלאת רחמים עבור חוטאים כדי שיוכלו להציל את נפשם, על אחת כמה וכמה שהוא מדריך את הענווים והצדיקים בדרך הישר [דעת זקנים]. במישור הרעיוני, התורה כולה משולה לעיר מקלט המגינה על האדם מפני יצרו הרע והופכת את חטאיו לזכויות. כשם שהדרכים לעיר המקלט היו מסומנות היטב, כך ה' שולח לאדם סימנים רוחניים כדי להדריכו בדרך התורה, ועל כל אדם לשאוף להיות "תמרור חי" המכוון את זולתו לדרך טובה וקדושה [חומש קה"ת].
המושג מִקְלָט מבטא קליטה והיטמעות מוחלטת. העיר הופכת להיות עולמו המלא של הגולה, מעין רחם או לידה מחדש, ועליה לספק את כל צרכיו הפיזיים והרוחניים, עד כדי כך שאם תלמיד גולה לשם – רבו חייב לגלות עמו כדי להמשיך ללמדו [רש"ר הירש]. ציווי זה תקף לדורות, והמילה "תהיינה" בלשון עתיד ורבים מרמזת שקדושת ההצלה של הערים עומדת לעד, אפילו בזמני חורבן [שפתי כהן].
התורה משתמשת במילה רֹצֵחַ גם כלפי מי שהרג בשוגג, כדי ללמד שמעשהו חמור ונושא את תואר הרציחה, בדומה להורג במזיד [תורה תמימה]. יש המסבירים זאת על דרך ההשגחה והגלגול: לעיתים קרובות, ההורג והנהרג היו חייבים מיתה על חטאים קודמים, וההשגחה העליונה גלגלה את המאורע כך שהאחד יהפוך לרוצח והשני לנרצח, ולכן שניהם נושאים את חותם הרציחה [שפתי כהן]. עם זאת, הכתוב מדגיש מַכֵּה נֶפֶשׁ, כדי למעט ולפטור מגלות אדם שרק עשה חבורה ופצע את אביו בשוגג [תורה תמימה, העמק דבר, מלבי"ם].
ההגדרה של בִּשְׁגָגָה היא מדויקת. היא מוציאה מכלל זה את מי שהרג מתוך זדון וטוען לשגגה, שכן רוצח במזיד יילקח אפילו מעם המזבח כדי להיענש [רבנו בחיי]. היא גם אינה חלה על אדם שהרג מתוך בורות מוחלטת כשהוא סבור שמעשהו מותר לחלוטין, שכן מצבו קרוב יותר למזיד [תורה תמימה]. מאידך, שגגה אינה תאונה מוחלטת ובלתי נמנעת (אונס), אלא מצב שבו הייתה מידה מסוימת של חוסר זהירות [רש"ר הירש]. העובדה שההורג בשוגג גולה ואינו מומת מלמדת יסוד עמוק ביהדות: חטא שלם דורש שותפות של הגוף והלב. מכיוון שהגוף פעל אך הלב לא התכוון לרצוח, האדם נענש בגלות ולא במיתה [רבנו בחיי].
תקופת הגלות נמשכת עד מותו של הכהן הגדול. קשר זה נובע מכך שהכהן הגדול משרה את השכינה בעוד שהרוצח מסלק אותה, וכן משום שהכהן היה אמור להתפלל שלא יתרחשו אסונות כאלה בדורו. מותו של אדם כה רם ונישא גם מסייע לנחם את משפחת הנרצח ומשכך את כעסם. כדי שהגולים לא יתפללו למותו של הכהן הגדול, הייתה אמו מספקת להם מזון וצרכים [צאינה וראינה]. בסופו של דבר, רחמים אלו על ההורג בשוגג הם המשך ישיר לחסד שעשה ה' עם אדם הראשון, שעל אף שהביא מיתה לעולם, לא הומת מיד אלא גורש מגן עדן כגולה המחפש כפרה [רבנו בחיי, צאינה וראינה].