הזכות להגנה ולמשפט צדק בערי המקלט אינה שמורה לאזרחי הארץ בלבד, אלא מוענקת גם לתושבים זרים החיים בה.
מבחינה תחבירית, המילים לִבְנֵי יִשְׂרָאֵל אינן מהוות המשך ישיר של הפסוק הקודם, אלא פותחות עניין חדש. לאחר שהפסוק הקודם קבע את עצם קיומן של ערי המקלט, בא פסוק זה להבהיר עבור מי בדיוק נועדו ערים אלו [אבן עזרא]. אלמלא ההפרדה בין הפסוקים, המילה תִּהְיֶינָה הייתה מיותרת [אבי עזר]. עם זאת, הכפילות של הביטוי תִּהְיֶינָה שֵׁשׁ הֶעָרִים הָאֵלֶּה לְמִקְלָט באה ללמד הלכה מהותית: אף אחת מערי המקלט אינה קולטת ואינה מתפקדת כעיר מקלט בפועל, עד שכל שש הערים יופרשו ויוגדרו למטרה זו יחד [מלבי"ם].
הפסוק כולל בזכות זו את הגֵּר והתּוֹשָׁב. הפרשנים מסבירים כי מדובר ב"גר תושב", כלומר נוכרי שקיבל על עצמו שלא לעבוד עבודה זרה ולקיים את מצוות בני נח. קבלה זו היא שמתירה את ישיבתו בארץ ישראל, שכן אין לאפשר מגורי עובדי אלילים בארץ [רלב"ג, תורה תמימה].
אשר ליישום הדין של גלות אל ערי המקלט, מתקיימת מחלוקת פרשנית סביב זהות ההרוג וההורג. הגישה המרכזית קובעת כי הפסוק מתייחס לישראל שהרג ישראל, או לגר תושב שהרג גר תושב אחר בשגגה. לעומת זאת, גר תושב שהרג יהודי אינו זכאי לגלות לעיר מקלט, שכן במקרה כזה קיים חשש שהמעשה נבע משנאה מוקדמת ולא משגגה מוחלטת [מלבי"ם, תורה תמימה]. מנגד, ישנה דעה חולקת הסבורה כי הפסוק מלמד שגר תושב אכן גולה לעיר מקלט גם אם הרג ישראל בשגגה [רלב"ג].