ברכת הכהנים עולה שלב, מברכה של שמירה והגנה פיזית אל עבר בקשה להארה רוחנית, קרבה אלוהית ונשיאת חן. ברכה זו מבטאת את הקשר הישיר והפתוח שבין האדם לבוראו, קשר שבו השפע אינו רק טכני, אלא מלווה באהבה, בהשגחה גלויה ובמתנות רוחניות.
הביטוי יָאֵר ה' פָּנָיו אֵלֶיךָ מתפרש בכמה רבדים. במישור הבסיסי של מערכת היחסים בין ה' לאדם, הכוונה היא ליחס של מאור פנים, רצון ושמחה [רש"י, ביאור שטיינזלץ]. כאשר ה' מעניק לאדם טובה, הוא עושה זאת בסבר פנים יפות ובשמחה, ולא מתוך כעס, בשונה ממתנות שניתנו בעבר מתוך זעם, כמו בפרשת השליו [בכור שור]. הפרשנים מסבירים כי משמעות המילה צהובות בהקשר זה אינה כעס כפי שמקובל לעיתים בלשון חז"ל, אלא פנים המאירות מתוך רצון וטוב לב [תורה תמימה], המעידות על הצלחה ושמחה בעולם הזה שאינן באות על חשבון חלקו של האדם בעולם הבא [משכיל לדוד].
ברובד נוסף, הארת הפנים משמעה הסרת המסך וההבדלה שבין ישראל לאביהם שבשמים [אור החיים], והיא מתבטאת בכך שה' מקבל את האדם ברצון, ממלא את בקשותיו מיד ומעניק לו חיים [אבן עזרא, חזקוני]. יתרה מזאת, הארה זו הופכת את השגחת ה' לגלויה לעין כל, כך שהסביבה כולה מכירה בכך שהצלחת האדם נובעת מהשגחה אלוהית ישירה ולא ממזל עיוור או טבע [העמק דבר].
חלק ניכר מהמפרשים לוקחים את הארת הפנים לכיוון השכלי והרוחני. הברכה היא שה' יאיר את עיני האדם להבין את נפלאות התורה, הבריאה ודרכי ההשגחה בעולם [ספורנו, רש"ר הירש, רלב"ג]. מבחינה מעשית, מאור התורה מתבטא גם בברכה של כוח זיכרון חזק, המאפשר לאדם לזכור את תלמודו ולא לשכוח דברים שלמד בעבר [תורה תמימה].
התיבה וִיחֻנֶּךָּ משלימה את הברכה במספר דרכים. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא פשט המילה מלשון חן. כלומר, ה' ייתן לאדם חן בעיני הבריות, כך שאנשים ישמחו בטובתו ולא יקנאו בו [בכור שור, צאינה וראינה]. מכיוון שהאדם אהוב ומושגח, אנשים יבקשו ממנו להתפלל בעבורם, והברכה מבטיחה שתפילותיו ובקשותיו אכן יתקבלו ברצון [העמק דבר].
לצד זאת, יש המפרשים את המילה מלשון חנינה ורחמים. ה' יעניק לאדם את חסדיו כמתנת חינם מתוך רחמים, גם אם האדם אינו ראוי לכך לחלוטין מצד שורת הדין והמשפט [תורה תמימה, רלב"ג, אבן עזרא]. בהקשר הרוחני, החנינה היא הענקת הכלים והכישורים השכליים הדרושים לאדם כדי להבין ולספוג את אותה הארת פנים אלוהית שניתנה בתורה ובנבואה [רש"ר הירש].
לבסוף, פירוש ייחודי קושר את המילה לשורש ח.נ.ה. הברכה היא שה' ישרה את שכינתו ויחנה אצל האדם, בפרט כאשר הוא לומד את כל רבדי התורה [אדרת אליהו], וכן שתהיה לאדם חניה וישיבה טובה, שלווה ויציבה בארץ [בכור שור].