פסגת ברכת הכהנים אינה טמונה במילים שהכהנים אומרים, אלא בהבהרת מקור הברכה והקשר המשולש בין הכהנים, העם וה'. לאחר פירוט הברכות עצמן, חותמת התורה את הציווי בהגדרה מדויקת של תפקיד הכהן לעומת פועלו של ה'.
ההנחיה וְשָׂמוּ אֶת שְׁמִי מתפרשת במספר רבדים. במישור המעשי, הפרשנים מסכימים כי משמעותה היא שהכהנים מצווים לברך את העם תוך שימוש בשם המפורש, כפי שהוא נהגה בבית המקדש, ובסדר מילים קבוע ומדויק [רש"י, תורה תמימה, הכתב והקבלה]. הכהנים אינם פועלים על דעת עצמם, אלא תפקידם הוא לערוך ולסדר את הברכה במילים שהושמו בפיהם [צרור המור].
במישור הרעיוני, הפעולה של שימת השם אינה פעולה פיזית, אלא פעולה תודעתית ורוחנית. מטרת הכהנים היא לכוון את לב העם להתבוננות ולהכרה כי כל ההצלחות והטובות נובעות אך ורק מה', ולעקור מהם את המחשבה של "כוחי ועוצם ידי" [הכתב והקבלה, רש"ר הירש]. שימת השם נועדה לקדש את העם [אבן עזרא], וללמד אותם את דרך האמת, כך שיבינו שהברכות הגשמיות אינן המטרה הסופית, אלא אמצעי להשגת ייעוד רוחני גבוה יותר [חתם סופר]. בעצם הזכרת שם ה' בכל אחד משלושת פסוקי הברכה, הכהנים ממשיכים את נוכחותו על העם, ומתפללים שכבודו ישרה עליהם בכל פרט בחייהם [רבנו בחיי, העמק דבר].
חלקה השני של ההצהרה האלוהית, וַאֲנִי אֲבָרְכֵם, בא להדגיש את אפסות כוחו העצמאי של הכהן. הכהנים משמשים כצינור בלבד להעברת השפע, ואין בכוחם לברך מעצמם [ביאור שטיינזלץ]. הדגשה זו נועדה למנוע שתי טעויות אפשריות: האחת, שהכהנים יתגאו ויאמרו "אנו מברכים את ישראל"; והשנייה, שישראל יתלו את ביטחונם בכהנים עצמם במקום בה' [תורה תמימה, חזקוני].
סביב המילה אֲבָרְכֵם מתקיימת מחלוקת מרכזית בין הפרשנים לגבי זהות מקבלי הברכה:
הגישה המרכזית גורסת כי הברכה מכוונת לעם ישראל. כלומר, הכהנים עושים את המוטל עליהם ופותחים את צינורות השפע, ואז ה' מסכים על ידם, משלים את הפעולה ומוריד את הברכה הממשית על העם, איש איש כפי צרכיו [רש"י, בכור שור, העמק דבר].
מנגד, עולה קושי פרשני: אם ה' הוא המברך את ישראל, מהו שכרם של הכהנים על עבודתם? בשל כך, יש המפרשים כי הברכה בפסוק מופנית אל הכהנים עצמם. ה' אומר להם: אתם תברכו את ישראל, ובתמורה לכך אני אברך אתכם אישית [רש"י, תורה תמימה, מזרחי]. גישה שלישית מאחדת בין השתיים וסוברת כי הברכה האלוהית חלה בו זמנית גם על העם וגם על הכהנים המברכים [אבן עזרא].
את שורש המחלוקת הזו ניתן להבין מתוך התבוננות באופן שבו עובר השפע בעולם. אם הכהן משמש רק כמעין "משפך" שדרכו עוברת הברכה אל העם מבלי שיישאר בידו דבר, הרי שהוא זקוק לברכה אלוהית נפרדת ומיוחדת עבורו. אך אם הכהן מקבל את השפע האלוהי ראשון, ומתוכו הברכה עולה וגולשת אל העם, הרי שהכהן מתברך באופן טבעי מעצם פעולתו, וההבטחה האלוהית בפסוק מתמקדת בהשלמת הברכה לעם ישראל [מלבי"ם].