חובת הקרבת קרבן הפסח חלה על כל אדם, וההזדמנות להקריבו במועד חלופי בחודש השני ניתנה עבור אלו שנאנסו עקב טומאה או ריחוק מקום. על רקע זה, מובהר עונשו החמור של אדם שהיה פנוי מכל מניעה, ובכל זאת בחר במזיד שלא לקיים את המצווה. אזכור העונש על ביטול הפסח הראשון מופיע דווקא כאן, בפרשת פסח שני, כדי להתמודד עם טעות אפשרית: אדם עלול לחשוב שיוכל לדלג במכוון על הפסח הראשון מתוך הסתמכות על מועד ההשלמה של פסח שני. לכן התורה מדגישה שהימנעות מכוונת מהקרבת הפסח הראשון גוררת עונש כרת מיידי, גם אם קיימת אפשרות השלמה בחודש הבא [בכור שור, חזקוני, העמק דבר]. בנוסף, מיקום העונש כאן מאפשר לכלול את הדעות ההלכתיות השונות בשאלה האם העונש חל על ביטול הפסח הראשון, השני, או שניהם [אור החיים].
התנאים להתחייבות בעונש מפורטים בפסוק. המילים וְהָאִישׁ אֲשֶׁר הוּא טָהוֹר כוללות לא רק אדם טהור לחלוטין, אלא גם אדם שעומד לסיים את תהליך טהרתו ויכול להיטהר בזמן, כגון מי שנמצא ביום השביעי לטומאתו [תורה תמימה]. באשר למילים וּבְדֶרֶךְ לֹא הָיָה, המרחק המגדיר אדם כמי שנמצא בדרך רחוקה הוא חמישה עשר מיל מירושלים. אדם שהיה מחוץ לטווח זה פטור מעונש, אפילו אם עמד לרשותו סוס והיה יכול להגיע בזמן [תורה תמימה, רש"ר הירש]. לעומת זאת, אדם שהיה קרוב מספיק אך התעכב בגלל שיירות גמלים וקרונות שחסמו את הדרך - חייב בעונש, שכן היה עליו לעזוב אותם וללכת ברגל [תורה תמימה]. מבחינה תחבירית, יש מן המפרשים המבינים את ו"ו החיבור כפשוטה, כלומר על האדם להיות טהור וגם לא בדרך [שד"ל], אך יש המפרשים את האות ו"ו במובן של "או", כלומר: טהור או שאינו בדרך [אבן עזרא, חזקוני, אבי עזר].
המילה וְחָדַל מלמדת על הימנעות רצונית. אדם בעל מום ברגליו שלא יכל ללכת פטור, משום שלא חדל מרצונו אלא מחוסר יכולת [תורה תמימה]. כמו כן, החיוב חל רק אם ההימנעות התרחשה בשעות שבהן מקריבים את הקרבן בפועל, החל מאמצע היום [תורה תמימה].
העונש על המחדל חל על גברים ונשים כאחד. המילה הַנֶּפֶשׁ באה ללמד שגם נשים חייבות בקרבן, והן יכולות להקריב את הפסח השני בעצמן [תורה תמימה]. עם זאת, המילים הָאִישׁ הַהוּא בסוף הפסוק ממעטות קטן מעונש כרת, אפילו אם הפך לבוגר בין הפסח הראשון לפסח השני [תורה תמימה].
חלק מהמפרשים רואים בפסח שני חג עצמאי לחלוטין ולא רק מועד השלמה. לפי גישה זו, גם גר שהתגייר או קטן שהגדיל בין שני המועדים חייבים להקריב את הפסח השני [רש"ר הירש]. בשל כך, הפסוק מפצל את העונש לשני המועדים: המילים וְנִכְרְתָה הַנֶּפֶשׁ הַהִוא מתייחסות לעונש על ביטול הפסח הראשון, ואילו המילים חֶטְאוֹ יִשָּׂא, שמשמעותן גם כן עונש כרת, מתייחסות לעונש על ביטול הפסח השני. כך, אדם עשוי להתחייב בעונש אם הזיד באחד מהם ושגג בשני [תורה תמימה, רש"ר הירש, העמק דבר]. במקרה של הימנעות מוחלטת במזיד משני המועדים גם יחד, העונש ודאי חל [רלב"ג].
לבסוף, המילים כִּי קָרְבַּן ה' לֹא הִקְרִיב בְּמֹעֲדוֹ מדגישות את המילה "במועדו", וממנה לומדים שהקרבת הפסח דוחה את השבת [רלב"ג, מלבי"ם]. ראוי לציין שפסח שני נועד בעיקרו ליחידים שפספסו את ההקרבה הלאומית כדי שיוכלו להצטרף אליה בדיעבד, אך ציבור שלם שהיה טמא אינו נדחה לפסח שני באותו האופן [צפנת פענח, רש"ר הירש].