עלייתו של משה להר סיני מסמנת את המעבר מהעולם האנושי אל המרחב האלוהי. תיאור זה מציג את תחילת מסעו המבודד של משה אל תוך הנוכחות האלוהית, כאשר הטבע עצמו מגיב למאורע באמצעות הענן.
המילים וַיַּעַל מֹשֶׁה אֶל הָהָר מתארות את תחילת העלייה. לאחר שמשה מסר את הוראותיו לזקנים, הוא החל לטפס, אך בתחילה עלה רק מעט אל נקודה מסוימת בשיפוע ההר יחד עם יהושע [העמק דבר, קאסוטו].
לגבי המשך הפסוק, וַיְכַס הֶעָנָן אֶת הָהָר, קיימת מחלוקת באשר לתזמון ירידת הענן. גישה אחת מפרשת את הכתוב כרצף כרונולוגי ישיר, כלומר מיד כאשר משה החל לעלות, ירד הענן וכיסה את ההר [מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ]. מנגד, שורת פרשנים אחרת טוענת כי הענן כבר כיסה את ההר קודם לכן בשישה בחודש סיון, או אפילו מיום הגעתם להר סיני. לפי גישה זו, התורה חוזרת לציין זאת כעת רק כדי לבסס את הרקע למניין ששת הימים שבהם משה המתין בענן [אבן עזרא, חזקוני, ביאור יש"ר, אבן עזרא הקצר].
לכיסוי ההר בענן היו מספר מטרות. בראש ובראשונה, הענן בישר על התקרבותו של ה' [קאסוטו], והיווה אות גלוי לעיני ישראל כדי להמחיש להם שה' מדבר עם משה [רלב"ג]. בנוסף, הענן שימש כמחיצה שהסתירה את משה מעיני העם שנותר למטה [העמק דבר]. דעה נוספת, המובאת ונדחית במקורות, מציעה כי הענן ירד במיוחד לכבודו של משה כדי למנוע מהזקנים לראות את הכבוד האלוהי [אבן עזרא הקצר].
מבחינה רוחנית, הענן תפקד כאחד ממסכי ההגנה האלוהיים. הוא עטף את ההר מבחוץ והשאיר את משה בתוכו. מעטפת זו בודדה את משה, הגנה עליו, ואפשרה לו לזכך את גופו לקראת קבלת התורה, כדי שיוכל לעמוד בפני האש האוכלת של כבוד ה' ששכנה בפסגת ההר [אלשיך, שד"ל].