עלייתו של משה להר סיני מהווה נקודת מעבר חדה מהעולם החומרי אל ספירה רוחנית עליונה. בהיכנסו אל מסתורי השכינה, משה עובר תהליך עמוק של הזדככות ולידה מחדש, המאפשר לו לקבל את התורה ולהורידה אל העולם.
כאשר נאמר וַיָּבֹא מֹשֶׁה בְּתוֹךְ הֶעָנָן וַיַּעַל אֶל הָהָר, הכוונה היא שמשה עלה אל מרום פסגת ההר, המקום שבו שכן הכבוד האלוהי, בעוד יהושע נותר מאחור, ומשה נסתר לחלוטין מעיני העם [אבן עזרא, קאסוטו, ביאור שטיינזלץ]. הענן עצמו מתואר כמין עשן שנוצר מאש השכינה [רש"י, חומש קה"ת]. באשר לאופן כניסתו אל הענן, קיימות שתי גישות מרכזיות. גישה אחת מפרשת כי ה' עשה למשה שביל מיוחד בתוך הענן, בדומה לשביל שנבקע עבור בני ישראל בים סוף, וזאת כדי להגן עליו מעוצמת קדושת הענן ומפני החומריות של ההר [רש"י, תורה תמימה, משכיל לדוד, ברטנורא, חומש קה"ת]. לעומת זאת, יש הסבורים כי משה כלל לא הלך ברגליו, אלא ה' אחז בו והענן עצמו הוא שהעלה אותו אל ראש ההר [העמק דבר, תורה תמימה].
המשך הכתוב מציין וַיְהִי מֹשֶׁה בָּהָר אַרְבָּעִים יוֹם וְאַרְבָּעִים לָיְלָה. תקופה זו החלה בשבעה בסיון והסתיימה בשבעה עשר בתמוז [חזקוני], ובמהלכה משה לא ירד כלל מן ההר [אבן עזרא]. הפרשנים מסכימים כי שהייתו שם לוותה בנס עצום, שכן משה לא אכל לחם ולא שתה מים, אלא ניזון באופן פלאי מהתענוג הרוחני של השגת התורה ומההנאה מזיו השכינה [אבן עזרא, רלב"ג, ביאור יש"ר, חומש קה"ת].
למספר ארבעים ישנה משמעות עמוקה. מספר פרשנים מקבילים את ארבעים הימים לזמן יצירת הוולד במעי אמו. הענן שימש למשה כלבוש מטהר, ובמהלך ימים אלו הוא עבר תהליך של זיכוך שבו איבריו החומריים הפכו לרוחניים, והוא קנה לעצמו מציאות חדשה ונכבדה הראויה לקבלת התורה [ספורנו, שפתי כהן, חומת אנך]. הציון המפורש של ימים ולילות רומז גם לאופן לימודו הפלאי, שבו קלט את כל כללי התורה ופרטיה בזמן קצר: בימים למד משה את התורה שבכתב ואת מצוות העשה, ובלילות למד את התורה שבעל פה ואת מצוות הלא תעשה [שפתי כהן, חומש קה"ת].
גדולתו של משה משתקפת לא רק בהישגיו הרוחניים, אלא גם במידותיו. למרות ששהה שבועות ארוכים במרום, נהנה מזיו השכינה והיה מנותק מהעולם הזה, הוא לא שכח את עם ישראל ולא התגאה עליהם, גם כאשר בסוף אותם ארבעים ימים ראשונים הם חטאו בחטא העגל ומשה נאלץ לרדת ולשבור את הלוחות שקיבל [ספורנו, ביאור יש"ר, קונטרס חיבה יתירה].