במקביל להשתלשלות אירועי החורבן, מתוארים שלבי עזיבת השכינה וכבוד ה' את המקדש. מראה הנבואה לוכד רגע דרמטי של מעבר, בו מידת הדין יוצאת לפועל בעוד מלאכים מנסים לעכב את הקץ.
הכרובים, אותם מזהה [אברבנאל] כמלאכים רוחניים וחיות הקודש, מתוארים כמי שעֹמְדִים מִימִין לַבַּיִת. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא כי צד ימין מכוון לצידו הדרומי של המקדש [רש"י, מצודת דוד]. בחירה זו בצד ימין ובדרום אינה מקרית; היא נועדה להוות משקל נגד ולהציג היפוך לתועבות שהיו נעשות בצידו הצפוני של הבית [רד"ק, אברבנאל]. מעבר למיקום הפיזי, עמידתם בימין מסמלת את תפקידם כמלאכי שלום ומליצי יושר, המנסים ללמד זכות על עם ישראל ולהצילו מאש המשפט ומידי האויבים [מלבי"ם, אברבנאל].
עמידה זו מתרחשת בְּבֹאוֹ הָאִישׁ. מבחינה תחבירית, מציינים הפרשנים כי המבנה הלשוני מקביל לביטויים מקראיים אחרים כמו "ותראהו את הילד" [רד"ק, מלבי"ם]. הכוונה היא לאיש לבוש הבדים, המייצג את המשפט האלוהי, אשר נכנס אל בין הגלגלים שתחת הכרובים כדי לקחת את אש הפורענות [רד"ק, ביאור שטיינזלץ, אברבנאל]. דעה נוספת מציעה כי המילים מתייחסות למיקום הכרובים, שעמדו מימין לכניסת האנשים הבאים אל הבית [ביאור שטיינזלץ].
למרות ניסיונות ההגנה של הכרובים, מתואר כי וְהֶעָנָן מָלֵא אֶת־הֶחָצֵר הַפְּנִימִית. חצר זו מזוהה על ידי הפרשנים כעזרה, או עזרת הכהנים [רש"י, מצודת דוד, רד"ק]. נוכחות הענן בחצר מבטאת את מצב כבוד ה' באותו רגע, וישנן שתי גישות מרכזיות להבנת משמעותה: הגישה האחת רואה בכך עדות לכך שכבוד ה' עדיין לא נסתלק מן ההיכל. כל עוד השכינה שוכנת בתוך הבית עצמו, הענן ממלא את החצר הפנימית המרוחקת יחסית [מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ, רד"ק]. לעומת זאת, גישה אחרת רואה במילוי החצר בענן סימן מובהק למסע העזיבה של השכינה; ממש כפי שבעת כניסת השכינה התמלא הבית בענן, כך כעת, עם תחילת יציאתה החוצה, הענן ממלא את החצר [אברבנאל].