לאחר הכאת רשעי העיר, מתגלה חזון נבואי המהדהד את מראה המרכבה הראשון, אך מתמקד כעת בשלב הבא של חורבן ירושלם ובמקור האלוהי של הגזרה. מראה זה נועד להמחיש כי השחתת העיר אינה תוצאה עיוורת של כוחות טבע או מערכות הכוכבים, אלא פעולה המונחית ישירות מההשגחה העליונה.
הנביא נושא את עיניו אֶל הָרָקִיעַ, כאשר משמעות המילה אֶל כאן היא "על" [רד"ק, מצודת ציון]. רקיע זה מזהיר ובוהק כְּאֶבֶן סַפִּיר [מצודת דוד], ונועד לרמז על יוקר השפע האלוהי היורד לעולם [אברבנאל]. ממעל לאותו רקיע מתגלה כְּמַרְאֵה דְּמוּת כִּסֵּא, המבטא את רוממות מעלתו של ה' ואת כיסא הרחמים שממנו יוצאת גזרת הדין [מלבי"ם, אברבנאל]. עם זאת, בניגוד למראה המרכבה הראשון שבו תואר כבוד ה' יושב על הכיסא, כאן הדבר אינו מוזכר במפורש, ויש שמסבירים כי הסיבה לכך היא שכבוד ה' אינו על הכיסא אלא נמצא באותה עת על מפתן המקדש [ביאור שטיינזלץ]. המילים נִרְאָה עֲלֵיהֶם בסוף הפסוק מהוות כפל לשון שנועד לתוספת ביאור והדגשה, לאשר שהכיסא אכן נראה ממעל [מצודת דוד].
ההתגלות מתרחשת עַל רֹאשׁ הַכְּרוּבִים. הפרשנים מסכימים כי כרובים אלו הם למעשה ארבע "חיות המרכבה" המוכרות מהחזון הראשון בספר. הסיבה לשינוי השם מ"חיות" ל"כרובים" נובעת מכמה כיוונים. מבחינה לשונית וחזותית, המילה "כרוב" קשורה למילה הארמית "רביא" שפירושה ילד או תינוק, שכן פניהן של החיות היו כדמות פני אדם צעיר [מצודת דוד, מצודת ציון]. מנגד, ישנה גישה המסבירה את השינוי במהלך רוחני: בחזון הראשון לאחת החיות היו פני שור, אך הנביא יחזקאל ביקש רחמים על ישראל וטען כי השור, המזכיר את חטא העגל ומהווה מקטרג, אינו יכול לשמש כסניגור. בעקבות תפילתו, נהפכו פני השור לפני כרוב [רש"י].
מראה הכיסא מעל הכרובים נושא עמו מסר של חסד בתוך החורבן. על פי חוקיות המערכת הטבעית, המיוצגת על ידי ה"אופנים" והגלגלים שמתחת לכרובים, עם ישראל היה אמור להישמד לחלוטין בחרב. אולם, ה' שינה את הגזרה מכיסא הרחמים שמעל למערכת הטבעית. במקום השמדה מוחלטת של העם, הופנתה החמה כלפי העצים והאבנים של ירושלים והמקדש, כדי להשאיר פליטה ושארית לישראל. חזון זה בא להראות כיצד ההשגחה העליונה, הנמצאת מעל הכרובים והטבע, שולטת במערכת וממתקת את הדין [מלבי"ם].