חורבנה של צור עתיד להיות מוחלט וסופי, עד כדי מחיקת כל זכר לעברה המפואר. ה׳ מצהיר כי יהפוך אותה לעִיר נֶחֱרֶבֶת – מלשון חורבה ושממון (מצודת ציון), וזאת במידה כה קיצונית עד שתיראה כֶּעָרִים אֲשֶׁר לֹא־נוֹשָׁבוּ. לאחר ההרס, הסלע שעליו עמדה העיר יישאר חלק וחשוף לחלוטין, כך שייראה כאילו מעולם לא התקיים בו יישוב אנושי.
האמצעי להבאת חורבן זה מתואר במילים בְּהַעֲלוֹת עָלַיִךְ אֶת־תְּהוֹם, כלומר מים עמוקים, וְכִסּוּךְ הַמַּיִם הָרַבִּים, כפילות לשונית שנועדה לחזק את תיאור האסון (רד"ק). הפרשנים נחלקו בהבנת מהותם של מים אלו. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמדובר בדימוי ציורי: המים העמוקים מסמלים מחנות צבא עצומים ועמים רבים שיעלו על העיר, ישטפו אותה ויחריבו אותה כליל.
מנגד, יש המפרשים את עליית הים כפשוטה. לפי גישה זו, לאחר שהעיר ניתנה בידי נבוכדנצר, הים עצמו עלה והטביע אותה (רש"י). יש המסבירים כי השטיפה הזו הייתה זמנית – גלי הים עלו על העיר, שטפו את כל שעליה, ולאחר מכן נסוגו והותירו אחריהם סלע יבש וריק (רד"ק). את הסיבה לאותו שיטפון פיזי ניתן להסביר בהתערבות עליונה ובלתי צפויה, בפעולה יזומה של האויבים, או כתוצאה טבעית של נטישת העיר; משפסקו התושבים לתחזק את הסכרים, פרצו המים הגואים וכיסו את חורבותיה (ביאור שטיינזלץ).