התפוררות המוסר האנושי ערב המבול מתחילה דווקא בשכבות החזקות והעליונות של החברה או הבריאה. השחתה זו, שבה החזק מנצל את מעמדו כדי לפגוע בחלש ולפרוץ את גדרי הצניעות והמשפחה, מהווה את קו השבר המרכזי שהוביל לגזרת הכליון על העולם.
הזהות של בְנֵי הָאֱלֹהִים עוררה דיון רחב, וניתן לחלק את הפירושים למספר גישות מרכזיות. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמדובר באליטה החברתית והפוליטית, שרים, שופטים ומנהיגי המדינות. במקום לעשות משפט צדק, אותם דיינים שניחנו בכוח ובסמכות ניצלו את מעמדם כדי לעשוק ולחמוס בגלוי, ואיש לא העז למנוע בעדם [רש"י, רמב"ן, רד"ק, הטור הארוך, רבנו בחיי, תולדות יצחק, חזקוני].
גישה שניה רואה בהם אנשי מעלה רוחנית, לעיתים מזרע שת, או כוהנים ומורי דרך שנייחדו עצמם לעניינים אלוהיים. אנשים אלו זנחו את תפקידם הרוחני, שקעו בתאוות העולם, ואף הפכו את הרדיפה אחר נשים לאידיאל ולפולחן [אבן עזרא, העמק דבר, הכתב והקבלה, ביאור יש"ר, קונטרס חיבה יתירה].
דעה שלישית גורסת כי אלו היו אנשי מידות, ענקים אלימים ומטילי אימה, ייתכן שמזרע קין, שכונו כך בשל גובהם וחוזקם הפיזי הרב [רלב"ג, רא"ש, שד"ל]. יש המזהים אותם כחכמים ואצטגנינים שניצלו את חייהם הארוכים נטולי הייסורים לחקר המזלות, התקופות והכוכבים [רד"ק, מחוקקי יהודה].
מנגד, קיימת מסורת פרשנית עתיקה, המבוססת גם על המדרש והזוהר, לפיה מדובר בישויות עליונות או במלאכים (כדוגמת עוזא ועזאל) שירדו לארץ, לבשו גוף גשמי, ונכנעו ליצר הרע האנושי. אחרים מציינים כי מדובר במלאכים ממדרגה נמוכה או שדים, ויש מי שסבור כי זו הייתה רק אמונה טפלה של בני אותו דור שייחסו לאנשים מסוימים תכונות אלוהיות [שד"ל, תורה תמימה, ברכת אשר, קאסוטו, מלבי"ם]. גישה נוספת רואה בהם פשוט שלוחים של ה' [רש"י, לבוש האורה].
לעומתם, אֶת בְּנוֹת הָאָדָם מתוארות בדרך כלל כבנותיהם של המוני העם, אנשים פשוטים וחלשים שלא היה בכוחם להתנגד לעריצות השלטון ולעמוד כנגד בני הגדולים [רד"ק, ביאור יש"ר], או כבנות למשפחת קין הפחותות במעלתן [אבן עזרא, מחוקקי יהודה].
הכתוב מציין את המניע למעשיהם במילים כִּי טֹבֹת הֵנָּה. על דרך הפשט, הכוונה היא שהן פשוט היו יפות תואר וטובות מראה [רד"ק, רא"ש, ביאור יש"ר, קאסוטו]. אולם, פרשנים רבים מדייקים מכך שהמילה טֹבֹת נכתבה בכתיב חסר (ללא האות וי"ו), ומסבירים כי אין מדובר ביופי טבעי ותמידי, אלא בפעולה של קישוט זמני. בני המעמדות העליונים היו ממתינים בדיוק לרגע שבו היו "מטיבים" ומקשטים את הכלות לקראת כניסתן לחופה, ואז היו חוטפים אותן [רש"י, מזרחי, הכתב והקבלה, תולדות יצחק, גור אריה, שפתי חכמים]. פרשנים אחרים רואים במילה זו ביטוי לכך שהנשים היו מועילות וראויות לשמש כעזר לצרכי העולם הזה [העמק דבר].
שיא הקלקול מתבטא במילים וַיִּקְחוּ לָהֶם נָשִׁים מִכֹּל אֲשֶׁר בָּחָרוּ. רוב מוחלט של הפרשנים מסכים כי לקיחה זו נעשתה באונס, בחזקה ובחמס. בני האלוהים לא בחלו בדבר, הם חטפו נשים פנויות, נשים נשואות, ולפי חז"ל הרחיבו את פריצת הגדרות ולקחו אפילו זכרים ובהמות [רש"י, רמב"ן, רד"ק, מזרחי, גור אריה, דברי דוד]. החמס התבטא במיסוד של עריצות מינית, כאשר השר או הגדול היה נכנס לבעול את הכלה המקושטת לפני החתן [רד"ק, הכתב והקבלה, תולדות יצחק].
לפי פירוש אחר, הבחירה לא הייתה שרירותית אלא אסטרולוגית, הם בחרו נשים שמערכת הכוכבים והמזלות שלהן התאימה לשלהם, במטרה מכוונת להוליד צאצאים גיבורים [אבן עזרא, מחוקקי יהודה]. דעת מיעוט מציינת כי הביטוי מתאר למעשה נישואין חוקיים ורצוניים לחלוטין, והבעיה לא הייתה אונס או ניאוף, אלא עצם שבירת המחיצות וההתערבבות בין מעמדות או בין ישויות שונות, התערבבות שהובילה בסופו של דבר להשחתת המין האנושי כולו [קאסוטו].