ההחלטה האלוהית על מחיית האנושות מקבלת כעת ממד מעשי וברור, כאשר ה׳ חושף בפני נח את האמצעי שדרכו תבוא הכליה על העולם. לאחר הציווי על בניית התיבה, מובהר כיצד תתבצע ההשחתה ומה יהיה תפקיד התיבה בתוכה.
המילים וַאֲנִי הִנְנִי מֵבִיא מציגות את מעורבותו הישירה של ה׳. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שיש כאן ביטוי להסכמה אלוהית עם מלאכי השרת, שבעת בריאת האדם תמהו "מה אנוש כי תזכרנו" וביקשו למנוע את יצירתו. כעת, ה׳ מכריז שהוא מוכן להסכים עם טענתם, ומתוך זריזות ונחרצות, המרומזת במילה "הנני", הוא גוזר את הדין, בניגוד למידת הרחמים שניסתה ללמד זכות על הדור [רש"י, מזרחי, גור אריה]. מנגד, יש החולקים וסוברים כי לא ייתכן שה׳ מסכים לחלוטין עם המלאכים הדורשים השמדה מוחלטת, שהרי הוא מותיר שארית גדולה דרך נח. לכן, המילה "ואני" באה להדגיש: "אף אני תהיה ידי בהם" על שהשחיתו את הארץ [רמב"ן]. פירוש נוסף מדגיש את הניגוד לנח: אתה מצדך תבנה את התיבה, ואני מצדי אביא את האסון במועד שנקבע [ספורנו, קאסוטו]. יתרה מכך, ההדגשה "ואני" באה לשלול את המחשבה שהאסון הוא תופעת טבע אקלימית גרידא; זהו מהלך של השגחה אלוהית ישירה [מלבי"ם], והסכמה לתת לכוחות ההשחתה שהאדם עצמו יצר להשלים את פעולתם [אור החיים].
השימוש במילה הַמַּבּוּל עורר דיון נרחב סביב שורש המילה ומשמעותה. רוב הפרשנים מסכימים כי השורש המרכזי הוא נ.ב.ל, המבטא נפילה והשחתה, בדומה לעלים נובלים, דבר המעיד על קמילה וכליון של כוחות החיים [רד"ק, שד"ל, רש"ר הירש]. אחרים גוזרים את המילה מהשורש ב.ל.ל, המבטא בלילה וערבוב של היסודות [רלב"ג, הכתב והקבלה], או מהשורש י.ב.ל, המציין הולכה של העולם לאבדון [העמק דבר]. רש"י, בפירוש שמשלב את כל המשמעויות, מסביר שהמבול נקרא כך משום שבילה (השחית) את הכל, בלבל את הכל, והוביל את הכל בזרם עז ממקום גבוה לנמוך.
התוספת מַיִם נועדה להבהיר את אופי האסון. מבחינה תחבירית, המילה "מבול" משמשת כתואר לכל גשם או דבר הנופל בכמויות אדירות מן השמים, כמו אש או ברד, ולכן היה צורך לפרש שמדובר במבול של מים [רד"ק, אבן עזרא]. הבחירה דווקא במים אינה מקרית. דור המבול חטא בגאווה על רקע השפע שה׳ העניק להם, ובראשו שפע המים מנהרות ומעיינות, ולכן ה׳ בחר לדון אותם באותו יסוד עצמו שבו מרדו [תורה תמימה]. בנוסף, יש כאן ענישה במידה כנגד מידה: הם חטאו בגזל, שבו אדם פורץ את גבול חברו, ולכן נענשו במים, יסוד שבו כל טיפה אמורה להיות נפרדת, אך במבול הטיפות פרצו את גבולותיהן והתערבבו לזרם שוטף; הם חטאו בעבודה זרה שהיא עזיבת "מקור מים חיים", ובגילוי עריות שעונשו חנק וטביעה [כלי יקר]. זהו גם העונש הראשון בהיסטוריה, ולכן נבחר היסוד הקרוב ביותר לארץ, המים [רס"ג].
מטרת המבול היא לְשַׁחֵת כָּל בָּשָׂר אֲשֶׁר בּוֹ רוּחַ חַיִּים מִתַּחַת הַשָּׁמָיִם. הדיוק במילים מלמד שההשחתה מכוונת רק כלפי הגוף הגשמי והמרגיש, ולא כלפי הנפש והרוח הנצחית [רש"ר הירש]. כמו כן, חוקי הטבע קובעים ששום דבר אינו הולך לאיבוד מוחלט, ולכן החומר האורגני שיושחת לא ייעלם, אלא יתפרק ליסודותיו וישוב להיות לתועלת תחת קערורית השמים, גם אם צורתו החיה תאבד [מלבי"ם].
הפסוק נחתם בקביעה כֹּל אֲשֶׁר בָּאָרֶץ יִגְוָע. ההדגשה "בארץ" באה להוציא מכלל זה את הדגים שבים. מאחר שהדגים אינם חולקים את אותה סביבת חיים עם בני האדם ביבשה, הם לא הושפעו מהשחתת המידות של האנושות ולא נגזרה עליהם כליה [רד"ק, ביאור יש"ר]. טעם נוסף להצלת יצורי הים הוא הבטחת המשכיות: אם נח היה חוטא והתיבה הייתה אובדת, ה׳ היה יכול ליצור עולם חדש מתוך חיות המים, מבלי להזדקק לבריאה יש מאין [קונטרס חיבה יתירה]. המילה יִגְוָע מתפרשת לרוב כמוות פתאומי. יש המסבירים כי מדובר בהפיכת הגוף החי והמרגיש לחומר דומם וחסר תחושה ברגע אחד, מה שמעיד על מידת הרחמים של ה׳ שאפשרה להם למות ללא ייסורים ממושכים [רש"ר הירש, ביאור יש"ר], בעוד אחרים מפרשים זאת כמחייה מוחלטת והמסה של בשר הגוף בתוך המים [העמק דבר].