בלב ים של הרס וחורבן, נדרש נח לבנות כלי הצלה שאינו רק ספינת מילוט, אלא עולם קטן ומושלם בפני עצמו. הוראות הבנייה המדויקות מבטאות את הצורך לשמר את החיים מבעד לכאוס, תוך דאגה למקור אור, הגנה מפני המים וחלוקה למדורים.
המילה צֹהַר נגזרת מן המילה "צהריים", ומבטאת מקור של אור. הפרשנים נחלקו מהותית לגבי טיבו של מקור אור זה. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמדובר בחלון שנועד להכניס אור ואוויר לתיבה לאחר שוך הגשמים. מנגד, פרשנים רבים מציינים כי מאחר שבשנת המבול לא שימשו מאורות השמיים והעולם היה שרוי בעלטה, חלון רגיל לא היה מועיל להאיר את הפנים. לכן, הם מפרשים שהצוהר היה אבן טובה ומרגלית שהאירה ליושבי התיבה מבפנים [רד"ק, רש"י, גור אריה, צרור המור, ברטנורא]. יש המשלבים בין הדעות ומסבירים כי נח התקין גם חלון וגם אבן טובה: בעת סערה וגשם נאטם החלון והם השתמשו באור האבן, וכשהתאפשר פתחו את החלון [לבוש האורה, חזקוני]. דעה נוספת מציעה שהצוהר היה עשוי מחומר שקוף ובהיר, כדוגמת זכוכית או גביש ספיריי, ששובץ בתוך החלון כדי להעביר את האור פנימה אך למנוע חדירת מים ורוח [רלב"ג, מחוקקי יהודה, ביאור יש"ר]. במישור הרעיוני, החלון מסמל את היכולת לראות את ה' מבעד למסך הטבע, ואילו האבן המאירה מסמלת מדרגה גבוהה יותר, שבה החומר עצמו הופך למקור של אור וגילוי אלוהי [חומש קה"ת].
באשר למבנה התיבה והגג, המילים וְאֶל אַמָּה תְּכַלֶּנָּה מִלְמַעְלָה זכו לשני כיווני פירוש עיקריים. הגישה הנפוצה ביותר מפרשת זאת כהוראה הנדסית לעיצוב גג התיבה: בניגוד לגג שטוח שעליו עלולים להצטבר מים, קירות התיבה היו משופעים והלכו והצרו כלפי מעלה, עד שהגג עצמו הסתיים ברוחב של אמה אחת בלבד, כדי שמי הגשמים יגלשו מטה במהירות ולא ירקיבו את העץ [אבן עזרא, רד"ק, רש"י, ביאור שטיינזלץ, קאסוטו]. מנגד, פרשנים אחרים קובעים כי תיאור זה אינו מתייחס לגג התיבה, אלא לצוהר עצמו. לפי גישה זו, החלון מוקם במרחק של אמה אחת מתחת למכסה העליון של התיבה, או שמשקוף החלון בלט באמה, כדי שהגג יסוכך עליו וימנע כניסת גשמים דרכו [העמק דבר, מלבי"ם, חזקוני, דעת זקנים].
מיקום הפתח נידון במילים וּפֶתַח הַתֵּבָה בְּצִדָּהּ תָּשִׂים. הפרשנים מסכימים כי שלא כבספינות רגילות שבהן הפתח ממוקם למעלה על הסיפון, בתיבת נח נקבע הפתח מן הצד. הסיבה לכך היא למנוע חדירה של מי המבול העזים היורדים ממעל, וכן לאפשר סגירה ואטימה הרמטית ונוחה מול כובד המים והרוחות [מזרחי, ביאור יש"ר, רש"י, חזקוני, קאסוטו].
לבסוף, המבנה הפנימי מתואר במילים תַּחְתִּיִּם שְׁנִיִּם וּשְׁלִשִׁים. מבחינה לשונית, מדובר בשמות תואר שצורת הרבים שלהם קוצרה, והם מתארים את הקומות והמדורים [אבן עזרא, רד"ק, אבי עזר]. התיבה חולקה לשלוש קומות מרכזיות, כאשר בתוך כל קומה היו תאים רבים נוספים עבור המינים השונים [ר' סעדיה גאון, קאסוטו]. קיימת מחלוקת לגבי אופן חלוקת המדורים: דעה רווחת היא שהקומה העליונה נועדה למגורי נח ומשפחתו, האמצעית לבעלי החיים, והתחתונה לאחסון פסולת וזבל [רד"ק, רש"י, מזרחי]. אולם, יש החולקים וטוענים כי מבחינה הגיונית וטבעית, האדם שוכן בקומה האמצעית המוגנת ביותר מפני פגעי מזג האוויר מלמעלה ולחות המים והפסולת מלמטה, בעוד בעלי החיים שוכנו למטה והזבל נאגר למעלה [גור אריה, לבוש האורה].
חלוקה משולשת זו אינה רק פונקציונלית, אלא נושאת משמעות סמלית עמוקה. התיבה מעוצבת כדגם מוקטן של היקום כולו, המורכב משלושה עולמות. בזמן שהעולם החיצוני נחרב, התקלקל וחזר לתוהו ובוהו, התיבה שימרה בתוכה את הסדר האלוהי והקוסמי, מתוך מטרה להקים את העולמות מחדש ביום שאחרי המבול [כלי יקר, גור אריה, מלבי"ם]. בניית התיבה בדיוק לפי ההוראות הללו מבטאת את ציותו המוחלט של נח לה', שכן ההצלה באה דווקא מתוך עשייה מדויקת של הרצון האלוהי [רש"ר הירש].