נקודת השבר הקוסמית מגיעה כאן לשיאה. הבורא, שהביא את העולם לידי קיום, מכריז כעת על כוונתו לבטל את מעשה בראשית ולמחות את החיים. הגזרה אינה מצטמצמת לאנושות בלבד, אלא שואבת אל תוך האבדון את המערכת האקולוגית כולה.
המילה וַיֹּאמֶר מעוררת את שאלת הנמען. רוב הפרשנים מסכימים כי ה׳ אמר דברים אלו אל לבו, כהמשך ישיר למחשבתו בפסוק הקודם, או לחלופין שזוהי אמירה המופנית אל נח כדי לגלות לו את סוד החורבן המתקרב [אבן עזרא, רד"ק, רלב"ג, ביאור יש"ר]. גישה נוספת רואה באמירה זו ביטוי של רצון אלוהי מוחלט, בדומה למאמרות שבהם נברא העולם [רלב"ג]. מנגד, יש הסבורים כי ה׳ השמיע את ההכרזה בקול רם כקריאה פומבית, במטרה לעורר את בני הדור לחזור בתשובה ברגע האחרון, שכן מטרתו אינה להשמיד אלא להביא לתיקון [צרור המור].
הבחירה בפועל אֶמְחֶה אינה מקרית, והיא נושאת משמעות עמוקה יותר מהשמדה רגילה. ברמה הלשונית, פעולת המיחוי מקבילה למחיקת כתב מעל גבי ספר או לניקוי יסודי של פני השטח; כשם שרעת האדם הייתה מוחלטת, כך נדרשת מחיקה כללית של המציאות [קאסוטו]. ברמה הפיזית, האדם נוצר מן העפר, והמים הם היסוד הממס ומוחה את העפר, ולכן נבחר עונש של מים דווקא [רש"י, רד"ק, רא"ש, דעת זקנים]. מעבר לכך, מדובר בפירוק מוחלט של הצורה הפיזית והחזרת הבריאה למצב של תהו, מה שמסביר מדוע לא נותרו כמעט שרידים פיזיים מאנשי דור המבול [רש"ר הירש]. מעניין לציין כי בניגוד לבריאת האדם, שבה התייעץ ה׳ עם המלאכים, כאן הוא לא נטל מהם עצה, שכן הם התנגדו מראש לבריאתו [חזקוני]. חורבן זה מוגדר כהסרה מֵעַל פְּנֵי הָאֲדָמָה, ביטוי שרומז כי ההשמדה היא יחסית לעולם הזה, ואינה שוללת בהכרח את הישארות הנפש בעולמות עליונים [רש"ר הירש].
הכללת בעלי החיים בגזרת הכיליון, המבוטאת במילים מֵאָדָם עַד־בְּהֵמָה (ביטוי שמשמעותו "גם אדם וגם בהמה"), מעוררת קושי מהותי: אם האדם חטא, מה פשעה של הבהמה? הפרשנים מציעים לכך מספר כיוונים. הגישה המרכזית מדגישה את תכלית הבריאה: כל היצורים נבראו אך ורק בשביל האדם. האדם אינו רק נזר הבריאה, אלא המעניק משמעות לקיומה, ולכן בלעדיו אין כל ערך או צורך בהמשך קיומם של שאר בעלי החיים [רש"י, רד"ק, מלבי"ם, שטיינזלץ, ביאור יש"ר]. מנגד, ישנה תפיסה לפיה גם בעלי החיים השחיתו את דרכם וחטאו ברבייה של מין בשאינו מינו, ולכן נענשו בזכות עצמם [רש"י, רד"ק, מזרחי, דברי דוד]. משום כך, הדגים שבים, שלא השחיתו את דרכם, אכן ניצלו מן המבול [משכיל לדוד].
מבחינה טבעית, כיוון שהמים כיסו את ההרים הגבוהים כדי למנוע את הימלטות בני האדם, חיות היבשה ממילא לא יכלו לשרוד ללא נס. ההשגחה האלוהית על בעלי חיים מתמקדת בשימור המין כולו (באמצעות תיבת נח) ולא בהצלת הפרט הבודד [רד"ק]. באשר לשאלת הצדק כלפי יצורים חפים מפשע, כגון תינוקות ובהמות, ה׳ עשוי להביא ייסורים על חפים מפשע כדי להעניק להם גמול טוב בעולם הבא, בעוד שהשמדתם בעולם הזה משמשת מסר חינוכי מטיל אימה שנועד להחזיר את האנושות למוטב [רס"ג].
סיום הפסוק במילים כִּי נִחַמְתִּי כִּי עֲשִׂיתִם מבהיר את השורש התיאולוגי של החורבן. אין מדובר בחרטה אנושית, אלא בתגובה לשינוי שהאדם עצמו חולל. ה׳ יצר את בני האדם במצב מתוקן ושלם, אך הם קלקלו את טבעם, איבדו את זכות קיומם, וההשחתה הייתה כה עמוקה עד שעצם ההשמדה הפכה לאקט של רחמים [רש"ר הירש, ביאור יש"ר, חזקוני].
הבחנה עמוקה נוספת מצביעה על כך שהמבול אינו רק עונש על חטאים, אלא ביטול של עצם מעשה הבריאה. לו היה מדובר בעונש משפטי בלבד, קטנים שלא הגיעו לגיל ענישה היו אמורים להינצל. אולם, מכיוון שה׳ "ניחם" על עצם עשיית האדם, הגזרה חלה על הכל ללא הבחנה. מסיבה זו, צדקתו של נח לבדה לא הייתה מספיקה כדי להצילו מביטול קוסמי גורף שכזה, והוא נזקק ל"חן" אלוהי מיוחד מעבר למעשיו הטובים כדי לשרוד את מחיקת העולם [אור החיים]. על כן, הפיכת סדרי הבריאה נועדה לנקות את המציאות, בתקווה לאפשר לאדם אחד לשוב ולחיות בשלווה שאפיינה את העולם בראשיתו [העמק דבר].