בשעת משבר קשה, יהונתן מתייצב כמתווך בין אביו לבין חברו הנרדף. הוא מנסה לשכנע את שאול להימנע משפיכות דמים באמצעות טיעונים מוסריים והגיוניים, המדגישים את נאמנותו ותרומתו של דוד לממלכה.
הביטוי וידבר יהונתן בדוד טוב מפורש על ידי רוב הפרשנים כלימוד זכות ואמירת דברים טובים להגנתו של דוד. אולם, גישה שונה מציעה שיהונתן נקט בטקטיקה פסיכולוגית מתוחכמת: הוא פתח דווקא בדברי גנאי, וטען שדוד הוא אדם פזיז המפקיר את חייו לחינם. דברים אלו מצאו חן בעיני שאול, וזהו פשר המילים טוב אל שאול אביו. רק לאחר שקנה את הקשבת אביו, סובב יהונתן את דבריו להגנת דוד [מלבי"ם].
כאשר יהונתן מבקש אל יחטא המלך בעבדו בדוד, הוא מזהיר את אביו מפני החטא והעוול שבהמתת אדם חף מפשע [מצודת דוד, אברבנאל]. הכפילות בביטוי בעבדו בדוד נועדה להדגיש שתי מעלות שונות: מצד אחד הוא משרת נאמן לחלוטין, ומצד שני הוא אדם גדול וחכם שה' נמצא עמו, ולכן הפגיעה בו חמורה ומסוכנת במיוחד לשאול עצמו [חומת אנך].
יהונתן ממשיך ומנמק כי לוא חטא לך וכי מעשיו טוב לך מאד. הפרשנים מסכימים כי יש כאן טענה כפולה המשלבת היעדר פגיעה עם תועלת אקטיבית. לא רק שדוד לא עשה דבר נגד המלך, אלא שפעולותיו השונות, כגון נגינתו והצלחותיו במלחמה, מביאות לשאול תועלת עצומה [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. גם אם שאול חש פגוע משירת הנשים שהיללו את ניצחונות דוד, הרי שדוד עצמו לא חטא; הוא פעל מתוך מסירות נפש וקידוש ה' כשהתייצב מול גוליית, והביא תשועה גדולה לישראל [חומת אנך, אברבנאל]. כך, אותה פזיזות ונכונות של דוד להסתכן, שהוצגה בתחילה כחיסרון, מתבררת למעשה כיתרון עצום המשרת את מטרותיו של שאול מבלי לגרום לו כל נזק [מלבי"ם].